Notch通路的建模和验证.pdfVIP

Notch 通路的建模和验证 * 郁彦彬 ，徐贤 上海交通大学计算机科学与技术系BASICS 实验室，上海交通大学，上海（200240 ） E-mail ：yuyanbin, xuxian}@ 摘 要：为了更好的进行生物实验，可以通过计算机建模来指导生物实验，从而降低实验成 本。由于定量分析的方法的一些限制，如何进行定性分析成为了新的研究方向。Notch 通路 在生物细胞的分化中起着很重要的作用，比如神经干细胞的分化。这篇文章使用定性分析的 方法来研究Notch 通路的一些性质。首先，介绍了关于Notch 通路的基础知识；然后简要说 明了用于建模的系统——组织P 系统；建模完成后，使用线形时序逻辑(LTL)来描述Notch 通路的性质，再利用基于重写逻辑、支持LTL 的语法的模型检测软件Maude 来进行检测。 检测得出了Notch 通路抑制作用的结果，和实际相一致，从而说明了定性分析的方法是有效 的。最后，做了一下总结和展望。 关键词：建模，验证，信号通路，组织P 系统，模型检测 1 引言 本文建模的 Notch 通路[1,2]广泛存在于多种动物体内，并且进化过程中高度保守，主要介 导细胞的分化抑制信号。具有带状态通道的组织 P 系统(Tissue P System)是自然计算的一个 分支，它是从生物的细胞膜结构中抽象出来的一种可用于建模的方法。由于 tissue P 系统的 通道状态可以更直观和有效的描述生物反应中的跨膜运输，所以使用它对 Notch 通路进行建 模的。 为了检测一些Notch 通路含有的性质，在对 Notch 通路进行建模后，我们使用了 LTL （线 形时序逻辑，Linear Temporal Logic ）对于要检测的性质进行描述，并借助Maude 来进行模 型检测(Model Checking) 。 在以前的许多研究中，大多都是对模型进行定量的分析，这种做法必须对反应中所有的 参数都有一个精确的定值，参数的设定可能对最后的结果产生很大的影响。然而在许多情况 下，确定每个参数的值是很难做到的。为了弥补以上的缺点，文章中选用了定性分析这种方 法，虽然定性分析的方法不能对于生物反应进行精确的模拟，但是能够得出一些反应的性质， 对实际的生物实验有着一定的指导意义。 2 用于建模的 P 系统 本文中，使用有状态通道的 Tissue P 系统[3,4,5]对 Notch 通路进行建模，并且利用 tissue P 系统中的通道对物质跨细胞膜的运动进行直观的描述。 对本文中用于建模的 P 系统定义如下 ： 定义 1. 带有并发的 tissue P 系统可以用如下结构表示： Π=(O,µ, Syn, (ω) , (K ) , (s ) , (R ) , (R ) , i ) i 0≤im ij (i,j) ∈Syn ij (i,j) ∈Syn ij (i,j) ∈Syn i 0≤i m 0 1) m 表示系统中细胞膜的总数 2) O 系统中所用到的字母表 3) µ 表示细胞膜的层次结构 *本课题得到NNSFC 国家杰出青年科学家基金 , BDCC (03DZ14025), 中国自然科学基金 , MSRA, 博士点研究基金 (20010248033)的资助。 -1- 4) Syn 通道. Syn {(i, j) | i, j=0,1,2,...,m (0 代表环境)} 5) ω∈O*. 初始时,膜中的对象集合(多集), ω 表示环境中的对象 i 0 6) Kij . 代表通道(i, j)的有限状态的集合 7) sij . 通道(i, j)的初始状态 8) Rij . 表