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蛋白質摺疊與病毒演化模型 文/胡進錕 摘 要 蛋白質摺疊與病毒演化和許多重要的學術及實用問題有關。本文簡單介紹這方面研究的近況以及筆者與合作 者所做的一些工作。介紹的研究工作包括以全原子模型研究蛋白質、以 Go模型研究蛋白質，以及病毒演化模型。 半以上的時間投入生物物理的研究。本文簡單介紹筆 一、前言 者和合作者在蛋白質摺疊與病毒演化模型方面所做 的一些研究成果。 由19 世紀末至20 世紀，物理科學和生物科學都 有重要的發展。物理科學的重要發展包括對物質基本 結構的瞭解、建立由微觀分子間的交互作用了解宏觀 二、以全原子模型研究蛋白質結構及熱性質 物質性質的理論及計算方法，即「統計物理」。生物 科學的重要發展包括基因、蛋白質、DNA 和RNA 的 蛋白質(protein)是組成生物極重要的巨分子，由 發現以及了解它們之間的關係。最近數十年，物理科 20 種胺基酸(amino acid)靠化學鍵連接成一維的系 學所發展的觀念和方法大量用於研究蛋白質、DNA 列。胺基酸的主鏈(main chain)包括一個氮(N)原子和 和RNA 等生物巨分子的結構與演化。 二個碳(C)原子，位於中間的碳原子(稱為之 Cα 原子) 可接20 種不同的側鏈(side chain) ，不同的側鏈代表不 1971 至 1976 年，筆者在李怡嚴教授指導下在新 同的胺基酸。胺基酸系列在生物體內產生後，會在很 竹市國立清華大學物理研究所研究基本粒子理論，畢 短的時間(1μs-1s)摺疊成立體結構。而蛋白質的生理 業後至中正理工學院服預官役並開始與石育民、陳文 功能和它的立體結構有極密切的關係，因此許多科學 典、曾玄哲等教授用重整群理論(renormalzation group 家想各種辦法決定蛋白質的立體結構。 theory)研究相變模型的臨界現象。服完役後，於 1978 年 10 月底至加州大學聖地牙哥校區加入馬上庚教授 用實驗方法決定蛋白質立體結構的工具主要有 的研究群，以蒙地卡羅模擬法研究自旋玻璃與易行模 X 射線和 NMR ，這些設備很昂貴，且取得實驗數據 型(Ising model)並以重整群法研究量子自旋模型。 後，用數值分析決定蛋白質結構通常也要花很長時 1979 年夏天至 1981 年夏天在緬因州立大學用重整群 間。如果能夠純粹用電腦計算就算出蛋白質的立體結 法研究表面吸附原子之相變並開始研究展透 構，那將是很有意義的事，但這是不是可能呢? (percolation)模型。1981 年9 月至1983 年8 月在多倫 根據 1972 年諾貝爾化學獎得主 Christian 多大學研究展透模型和超冷水的模型。1983 年9 月至 Anfinsen[1]的研究，不是特別長的蛋白質，一維系列 中央研究院物理所任職後研究的間題包括發展展透 的資訊就能決定蛋白質的立體結構，而室溫時蛋白質 重整群算法、新的蒙地卡羅算法、相變模型之普