6-生物信息数据库及生物信息分析软件应用.pptVIP

实验五生物信息数据库及生物信息分析软件应用 现代分子生物学大实验 实验目的 掌握生物信息学基本概念、原理及方法 应用生物信息学的一些工具进行初步的生物信息分析 运用Primer Primier 5进行引物设计 实验主要内容 分子生物学数据库：掌握数据库的种类、功能，文献查找方法 序列比对：掌握分序列比对的原理，使用至少一种序列比对软件。 相似序列的数据库搜索：掌握NCBI中几种基本局部序列比对方法及几种单机软件的使用方法（Blastn；Blastp；Blastx；tBlastn）。 生物信息学单机软件介绍：Primer Primier 5 国际权威数据库 欧洲分子生物学实验室 EMBL 美国生物技术信息中心 NCBI 日本遗传研究所 DDBJ 常用数据库 蛋白质数据库 SWISS-PROT TrEMBL (translation of EMBL) PIR (Promoter information resource) PRF （Promoter research foundation） PDBSTR （Re-organized Protein data Bank）Prosite 结构数据库 PDB (Protein Data Bank) NDB (Nucleic Acid Database) DNA-bind Protein databaseswiss-3D IMAGE 酶和代谢数据库KEGG （Kyoto Eneyclopedin of genes genemes） PKR (Protein Kinase Resource) 文献数据库PubMed OMIM Agricola NCBI相关介绍 孟德尔人类遗传（OMIM），三维蛋白质结构的分子模型数据库（MMDB），唯一人类基因序列集合（UniGene），人类基因组基因图谱，分类学浏览器，同国立癌症研究所合作的癌症基因组剖析计划（CGAP）。 Entrez是NCBI的为用户提供整合的访问序列，定位，分类和结构数据的搜索和检索系统。Entrez同时也提供序列和染色体图谱的图形视图。Entrez是一个用以整合NCBI数据库中信息的搜寻和检索工具。这些数据库包括核酸序列，蛋白序列，大分子结构，全基因组，和通过PubMed检索的MEDLINE。Entrez的一个强大和独特的特点是检索相关的序列，结构和参考文献的能力。杂志文献通过PubMed获得，PubMed是一个网络搜索界面，可以提供对在MEDLINE上的九百万杂志引用的访问，包含了链接到参与的出版商网络站点的全文文章。 BLAST是一个NCBI开发的序列相似搜索程序，还可作为鉴别基因和遗传特点的手段。BLAST能够在小于15秒的时间内对整个DNA数据库执行序列搜索。NCBI提供的附加的软件工具有：开放阅读框寻觅器（ORF Finder），电子PCR，和序列提交工具，Sequin和BankIt。所有的NCBI数据库和软件工具可以从WWW或FTP来获得。NCBI还有E-mail服务器，提供用文本搜索或序列相似搜索访问数据库一种可选方法。 文献数据库 核苷酸数据库 dbEST EST来源于mRNA－基因长度（300-400bp，数据长度足以分析编码的产物）或者全基因（已知）－5’端或3’端的cDNA序列（EST）－300-400bp single-pass sequence （可能有误，如果要求0.1%的错误率，需要测序8-10次）－GenBank中71%以上的是EST序列。 UniGene 来源于同一基因的非重复EST，组成基因序列群（contig）dbSTS （sequence tagged sites）a.短序列（200-500bp） b.已完成染色体上的定位 c.可以与电子PCR相连用 dbGSS （genome survey sequence）a.基因组短序列 b. cosmid、BAC、YAC外源插入片断末端序列 c. Alu PCR 序列 HTG （high-throughput genome sequence）尚未完成测序的重叠群（2kb） dbSNP 每100-300bp有一个SNP EPD （Eukaryotic Promoter Database） 启动子数据库 序列相关检索操作 序列查询 登录号（如X58929） 序列名称（如SCARGC） 核酸同源性搜索 BLAST分析 浏览整个基因组 直观显示各染色体，可以在染色体水平上选择感兴趣的位点，逐层放大 同源性搜索（Basic Local A