酶作用的机制.pptVIP

第四章 酶作用的机制 酶作用专一性的机制 酶作用高效性的机制 概念 必需基团（essential group)关系到酶催化作用的化学基团eg. 组氨酸的咪唑基、丝氨酸的羟基、半胱氨酸的巯基等。 活性中心（active center）或活性部位酶分子上必需基团比较集中并构成一定空间构象、与酶的活性直接相关的结构区域。 酶的活性部位（中心）由结合部位和催化部位组成。 酶的底物专一性 结构专一性绝对专一性相对专一性（键专一性） 立体异构专一性旋光异构(D, L)几何异构（顺、反） Effect of a catalyst on activation energy 酶作用高效率的机制沈同 《生物化学》p279 催化部位——酶作用的高效性 接近和定向效应 张力学说（通过底物扭曲导致催化）共价催化（亲核和亲电催化）  广义酸碱催化 * * Binding cleft of lysozyme: amino acid residues that contact the substrate are in green, catalytic residues are orange 酶作用专一性的机制 沈同 《生物化学》p275 结合部位——酶作用的专一性钥匙学说诱导契合学说“三点附着”假说 By Emil Fischer in 1894 By Daniel Koshland in 1958 The induced conformational change in hexokinase. Serine protease Active site pockets of two serine proteases. Elastin---Ala 酶作用高效率的机制 亲核试剂： 具有给予电子对的强烈倾向的基团亲电试剂：具有接受电子对的强烈倾向的基团亲核催化：如果催化反应的速度（完全或部分地）被底物从催化剂接受电子对这一步所控制亲电催化：如果催化反应的速度（完全或部分地）被催化剂从底物接受电子对这一步所控制note part p44 The structure of chymotrypsin Chymotrypsin 的活性区 Catalytic triad: Asp102←His57←Ser195 charge relay (1) 环境 pH 对酶活性有极大的影响 → 活性区的氨基酸 受影響： (2) 催化机制： 两个步骤 (3) 稳定过渡状态： -C-O- 可与 Gly193与Ser195 的 -N-H 产生氢键而稳定 (4) 专一性结合区： 活性区附近有 non-polar pocket 辨别底物 ▼ Acylation: 切开后 N-peptide 共价結合在酶上 (Ser195) ▼ Deacylation: 加水分解后释放 N-peptide (slow step) Nitrophenyl acetate (作用很慢的底物类似似物) His 57 (pKa = 6): 当环境 pH 6, imidazole 失去 H+ (charged) Ile 16 (new N-terminal): 当环境 pH 9, NH3+ 失去 H+ (不帶电) Ser 195: DIFP 可与 Ser-OH 反应 → 失去活性 Juang RH (2004) BCbasics Asp102 His57 Ser195 Catalytic Triad H H Chymotrypsin 顺序式催化反应 A1 N C C N [HOOC] H O C C N C C [NH2] C O Check substrate specificity Asp102 His57 Ser195 H H Chymotrypsin顺序式催化反应 A2 N C C N [HOOC] H O C C N C C [NH2] C O First Transition State H H Chymotrypsin顺序式催化反应 A3 N C C N [HOOC] H O C C N C C [NH2] C O Acyl-Enzyme Intermediate H Chymotrypsin顺序式催化反应 D1 N-H C C N [HOOC] H O C C N C C [NH2] C O H O H Acyl-Enzyme Water Intermediate H Chymotrypsin顺序式催化反应 D2 O O C C N C C [NH2] C H Second Transition State O H H Chymotrypsin顺序式催化反应 D3 O C C N C C [NH2] C O O