matlab-生物分析工具.pptVIP

 MATLAB工具箱中生物分析工具箱(Bioinformatics Toolbox)的应用  生物分析工具箱： Phylogenetic Tree Tool (phytreetool)——系统发生树工具 Sequence Viewer (seqtool)——序列分析 Multiple Sequence Alignment Viewer (multialignviewer)——多序列比对 Protein Plot Tool (proteinplot)——蛋白质图形工具 Molecule Viewer (molviewer)——分子 一、Sequence Viewer 工具应用 打开序列分析工具界面 通过seqtool命令打开序列分析工具界面 6个菜单命令 File菜单：查看、从Matlab的工作区间中 导入数据、从NCBI或EMBI下载序列； Edit菜单：复制和全选； Sequence菜单：查找序列中特定字符串； Display菜单：Clear Word Selection Window菜单：窗口显示格式 Help菜单 (以编码Human gene HEXA (氨基乙糖苷A酶)序列为例， Genbank 登入号为NM_000520. ＊Importing a sequence输入序列 1. 在MATLAB命令窗口键入命令 seqtool 2. 从NCBI数据库搜索序列，选择File Download Sequence fromNCBI 打开序列下载对话框。 3. 输入Genbank登入号NM_000520，选择Nucleotide,点击OK. MATLAB从NCBI数据库下载序列，并给出该序列的相关统计信息。 ＊Viewing Nucleotide Sequence Information查看核苷酸序列信息 点击左边窗口Comments，右边窗口显示序列的一般信息。 点击Feature，显示NCBI的相关信息，包括一个基因的索引号和所有的编码序列。 点击ORF，显示六种开放阅读框的结果。 4. Annotated CDS 编码蛋白质序列 ＊Searching for Words 查找字符串 1. 选择Sequence Find Word打开对话框，可以很方便的查看起始密码子、终止密码子 2. 输入atg，点击Find 3. 清除，点击按钮 ＊Exploring Open Reading Frames (开放阅读框) 此部分告诉我们，如何识别一条核苷酸序列的蛋白编码部分，并复制到一个新的视图界面，将其翻译为氨基酸序列，继续分析。 1. 点击ORF 2. 选择阅读框2中最长的开放阅读框 4. 选择FileImpore from Workspace 从工作区间导入序列NM_000520_ORF_2 5. 点击Full Translation.选择Display Amino Acid Residue DisplayOne Letter Code ＊Viewing Amino Aci Sequence Statistics 氨基酸序列统计信息分析 FileDownload Sequence fromNCBI 以NP_000511.2为例，选择Protein，点击OK. 3. 选择DisplayAmino Acid Color Scheme,然后选Charge, Function, Hydrophobicity, Structure or Taylor观察序列的颜色变化 4.关闭命令 Seqtool(‘close’) 二、Multiple Sequence Alignment Viewer 工具应用 ＊Loading Sequence Data and Viewing the Phylogenetic Tree下载序列数据和构建系统发生树 1.下载序列数据（以灵长目动物为例）命令 load primatesdemodata 在MATLAB工作区间中产生结构数组primates， 查看数组中的元素，可以使用一下命令： primates(1,1) ans.Sequence 2.创建系统发生树 tree = seqlinkage(seqpdist(primates),‘single’, primates); 其中seqpdist表示计算两序列间距离 ＊Selecting a Subset of Data from the Phylogenetic Tree选择系统树的一个子集 例:选择human和chimp(黑猩猩) 1.点击工具栏 按钮，移除除了human和 Chimp的分支 2. 将选择