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固体表面吸附有机分子操作步骤 固体表面吸附有机分子涉及到晶体结构构建，表面剪切优化，有机分子（甚至是聚合物 分子）构建，无定形结构构建，层的加载，动力学优化，及最后数据分析等内容。这里以 Discover 模块为例进行说明（也可以用CASTEP 模块） 第一部分：晶体表面层的构建 1，晶体结构构建： 两种方法： A, Build | Crystals | Build Crystals 需要知道晶体的空间群，点阵结构，晶格参数，原子 坐标等信息。 B, 从COD 网站直接下载晶体结构文件（cif 文件），然后利用Open Files 功能直接导入即可。 注：一般构建好晶体结构后需要进行几何优化：Geometry Optimization . 2 ，表面剪切：Build | Surfaces | cleave surface. 3，分配力场：Discover | Setup | Typing 注：这个时候需要保留化学键，才能识别。 4 ，固定非表面原子，进行优化： 固定原子：Modify | Constraint 选择Fix Cartesian Position 优化： Discover | Minimizer 注：非表面原子的确定一般需要经过收敛检验，在Min 之前，需要在Discover | Setup 中的 Non-Bond 里面选择合适的参数，且选择在计算时不需要计算力场。 5，建超胞 ： Build | Symmetry | Supercell 6，加真空：Build | Crystals | Build Vacuum slab 注：此时真空层厚度取 0 ； 至此，晶体结构的表面层建好，下面需要构建有机分子层。构建有机分子层，有两种方法， 都是在Amorphous Cell 模块中，对于高聚物，一般采用 Amorphous Cell 中的Construction 功 能，对于普通有机分子，则采用Calculation 中的packing. 第二部分：有机分子层的构建 1, 利用Calculation 中的packing 构建有机分子层：首先直接利用MS 自带的模板构建分子， 或者利用Build | Build Polymers 2 ，建一个空的晶体结构： Build | Crystals | Build Crystal 注：该晶格的a, b 应该与前面所述晶体的晶格参数a, b 一致。c 值适中 3, 将有机分子放入晶格中： Amorphous Cell | Calculation | Packing 注：关于有机分子密度的设置，对于纯溶液或者稀溶液，按该条件下溶液的试剂密度来构建， 如果是构造的体系，则可借助MD 模拟方法，模拟一个类似更大的体系，取其平均值即可 有机分子层也构建完，最后进入到动力学模拟阶段 第三部分：动力学模拟 1，优化Min ： Discover | Minimizer 注：优化前（Min ），先查看所有原子是否都已分配力场，如果没有，可以手动添加，在project explorer 中双击Force field type ，然后修改力场类型即可。其次在Min 之前，需要把晶体结 构所有原子重新固定，包括表面原子。 一般是模拟室温条件下的吸附，这个时候晶体中的原子移动不大，因此其运动可忽略。 2. 动力学模拟： Discover | Dynamics 注：次步参数设置很重要，重要参数有： 系综，温度，模拟时间，步长，及轨道设置，模 拟时间可一般设定为1-2ns 第四部分：模拟结果分析 主要讨论了吸附能的计算，径向分布函数的计算，密度分布计算等。 A 体系平衡分析 在正式分析之前，先分析体系是否达到平衡。利用Discover | Analysis 中的Dynamic 。 操作步骤如下 1，将有机分子定义为一个集： 先选中全部有机分子中所含的原子，然后再Edit | Edit Sets ，给定set name. 注：在MS 5.5 版本中，定义集及修改原子选择方式在Build 里面，但在MS5.0 版中，这些 功能在Edit 里面。此时被选中的原子呈现被小圈圈包围形状。 2 ，计算MSD （Mean squared displacement ）: Discover | Analysis | Dynamic —mean squared dis