生物分子马达理论建模的研究.pdfVIP

摘 要 生物体通过把化学能转化为机械能来实现运动、改变形态、重新组织内部构 造等功能。生物体用以产生运动的机制长期困惑着生物学家。在真核生物中，与 细胞骨架相互作用的一类特殊的马达蛋白器械可以把ATP水解成ADP和Pi释 放出的能量转化成机械能。半个世纪以来，尽管生物物理学家们付出最大的努力， 但人们仍然尚不清楚生物分子马达机械化学能量转换的具体机制。最近十余年 来，生物分了马达的研究在国际上引起了极大的重视，成为生物学、物理学、} 程化学等诸多学科引人注目的一个热点问题。生物分子马达理论建模的研究对1 实验研究的发展起着重要的指导和推动作用。本文围绕分子马达的动力学机制开 展研究，进行了以下几个方面的工作。 1.结合布朗棘轮模型和做功冲击 (powerstroke)模型，提出了分1马达 的冲激力 (impulseforce)模型。该模型基于一系列S函数来模拟分了马达的 做功冲击，并研究热涨落对分子马达运动特性的影响。考察了运动速度与负载力 和温度的关系特性。进一步提出了马达一轨道间势能不对称性的定量化新概念: 不对称度，并计算出分子马达的平均速度与势能不对称度的依赖关系。当可以寸称 度等于零时，解释了对称势能情况下的关系，而现有的布朗棘轮模是不能解释的。 势能的不对称性对于提高分子马达的运动效率具有重要意义。 2.通过研究马达一货物系统的动力学行为，可以探索马达蛋白的柔性对其生 物功能的影响问题。提出了关于马达一货物系统的对称线形势能形式的铰链新模 型。在马达扩散系数趋于无限的情况下，我们获得了2000年Elston和Peskin等 人提出的弹簧模型所不能得到的结果。不仅给出了系统速度与马达一货物间铰链 强度的关系，而且阐述了马达与货物的分离机理。我们发现模型中存在一个铰链 强度阐值，当铰链的强度小于这个阐值时，马达与货物将分离。同时，这个14:1仇 Ij马达和货物的扩散系数相关，并给出它们的依赖关系表达式。这些结果与弹lllt 模型相比，更符合马达蛋白结构与功能关系的动态规律。 3.由于对福克一普朗克方程的解析求解一般比较困难，寻求方程的数值解法 在分子马达理论建模中就具有重要意义。研究了基于矩阵连分数算法对分子马达 摇摆力和闪烁势模型的数值解法。提出用有限差分法把福克一普朗克方程转化为 二对角递推关系，并给出三种有限差分方案，其中满足细致平衡条件的方案1Ij以 保证在求解热力学平衡系统时不会产生 “人为”的漂移速度。利用知阵连分数s 法解出三对角向量递推关系，得到系统的稳态速度和含时概率分布。研究结果验 证了矩阵连分数算法用于分子马达理论建模具有独特的优越性。 4 在建模研究工作的过程中，提出了 一个图像表述的新算法。本算法的核 心思想是用一系列具有高度规律性的灰度函数MX扔来逼近不规则的原图像灰 度函数AXIV)。本算法具有快速收敛性，是一个良好的逼近器。由于9。的高度规 律性，就可以用较少的存储空间实现对它的存储。因此，本算法有利于图像数据 的压缩和重构。 关键词:生物分子马达，冲激力，对称线性势能，矩阵连分数，图像表述 Abstract Themodelingofbi-omolecularmotors LiFangzhen田iophysics) DirectedbyProf.HuKunaghu Theabilitytoconvertchemicalenergyintomechnaicalforceenablesbiologicalorgnaismsto move,chnagetheirmorphologynadrecognizetheirinternalstructure.Themechnaismemployed bylivingorganismstogeneratemovementhaslongfascinatedbiologists.Ineukaryoticorgnaisms energyderivedrfomthecleavageofATPtoADPnadPiistransducedintomechnaicalworkby specializedproteinmachinesthatinteractwithcytoskeleta