DNA指纹图与分子探针技术在研制新型微生态制剂中的应用.pdfVIP

中国畜牧兽医学会动物微生态学分会第三届第七坎学术研讨会论文集(2004年) 性指数，从而可以得到群落差异的量化结果。实验结果表明，不同于杂食性动物，大熊 猫肠道优势菌菌群结构在个体之间及个体不同时期中表现出相对比较高的稳定性和相似 性(个体之间的相似性大于80％)。我们知道，大熊猫食物成分的99％是高山深谷中生长 的20多种竹类植物，也许正是其单一食性，导致大熊猫肠道微生物区系中优势菌菌群结 构的相似性。同时本研究也证明了本实验所采用的DNA提取方法、ERIC·PCR、ERIC引 物随机标记探针、 southern杂交、等技术高重复性及在大熊猫肠道微生物区系研究中的 可行性。 southern杂交大熊猫肠道微生物 关键词：ERIC—PCR DNA指纹图与分子探针技术在研制新型微生态制剂中的应用 赵立平 (上海交通失学生命科学技术学院微生物分子生态学与生态基固组学实验室上海200240) 基于细菌基因组中保守重复序列的E1RC．PCR技术可以对细菌的基因组序列特征进 行指纹图分析，在该技术的辅助下我们从植物上分离筛选了一株芽孢杆菌，经过生物学 特性、发酵动力学、制剂化、动物效果实验和毒理学实验，表明对仔猪的细菌性腹泻具 有与常规抗生素相当或更好的治疗和预防效果。DNA指纹图技术在该产品的开发中得到 应用，不仅可以在生产过程中监控菌种的混杂与退化情况，而且可以对产品的纯度进行 控制。该技术具有较强的菌种鉴别能力，因此，也可以用于活菌制剂类产品的菌种知识 产权保护。 我们把这种DNA指纹图分折技术扩展到对动物肠道这样的复杂微生态系统的种群 结构的分析中，对抗生素和益生素的治疗腹泻过程中仔猪肠道微生态区系结构的变化进 行了动态监测，结果表明，益生索处理比抗生素对照能够更加迅速地使动物肠道的微生 态区系结构恢复到健康状况，在此基础上提出了微生态平衡的分子生态学概念及其实验 测量的方法；在发生腹泻的个体中有一条1．2kb的主带总是出现，而在健康个体里，总是 出现l条2．7kb的主带。在抗生索与益生索治疗腹泻的过程中，粪便中的微生物区系结构 的变化过程明显不同，后者与健康相关的2，7kb的主带出现早而且亮度一度持续增加，表 明它代表的细菌可能在维持肠道健康中具有重要意义。克隆与测序结果．表明腹泻个体 中的1．2kb的主带与大肠杆菌等肠细菌的染色体序列高度同源(几乎100％)，而健康个体 里的2．7kb的主带的序列与已知的任何基因序列均无显著的同源性，可能是新的种类。这 个研究不仅表明该微生物产品能够迅速使动物肠道的微生态区系结构恢复到健康状况， 对微生态平衡的概念提出了实验测量的方法，而且找到了肠道中一类与健康状况关系密 切的细菌的基因组序列信息．为分离这个菌群提供了专一性分子探针。该研究不仅为微 393 中国畜牧兽医学会动物设生态学分舍第三届第七次学术研讨会论文集(20C,4年) 一—————————————————————————————————————————————————————————————————一 生态制剂的作用机理提供了分子证据，而且为研究各种药物与肠道微生态系统的分子互 作奠定了良好的基础。 关键词：DNA指纹图谱分子探针微生态制荆 生态基因组学与复杂微生物群落的结构解析 赵立平 (上海交通大学生命科学技术学院微生物分子生态学与生态基因组学实验室，上海200240) 微生物以复杂的群落形态存在并发挥重要的生态功能。微生物生态群落结构与功能 的关系是生态学的一个主要研究内容。由于高度的选择性和费时、费力．传统的分离、 培养和鉴定技术不能全面认识微生物群落的种群组成。也不能实现对结构与功能关系的 动态跟踪研究。微生物分子生态学用群落样品的基因组DNA的组成来反映微生物群落的 种群组成．不仅客观、全面，而且可以借助基因组学技术实现高通量分析。 我们建立了一种基于PCR的群落结构DNA指纹图与阵列杂交分析技术。该技术用随机 扩增的基因组片段代表不同的种群类型，通过分子杂交实现对大量群落样品基因组DNA 组成状况的分析测定。这实际上是一种分子采样技术，检测的效果取决于PCR引物设计 和扩增条件的设定．