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第五章:计算机结构化学计算和化学过程模拟 计算机结构化学计算的目的和意义 计算目标： 获得分子的电子云数据、几何数据、热力学数据等 实验数据与计算数据对比 结构化学计算的意义： 建立理论化学基础 与实验数据对比，验证已有相关理论和结论 获得构效关系。 第一节：结构化学计算 常用结构化学软件 1.Hyperchem*：美国Hypercube公司，是优秀的分子模拟软件。 3D建模动画、可提供量子化学、分子结构、分子动力学等方面计算。/down/soft/1376.htm 2.Gaussian 是做半经验计算和从头计算使用最广泛的量子化学软件，可以研究分子能量和结构，过渡态的能量和结构，化学键以及反应能量，分子轨道，偶极矩和多极矩，原子电荷和电势，振动频率，红外和拉曼光谱，NMR，极化率和超极化率，热力学性质，反应路径。/ 3.WinMOPAC为著名的半经验分子轨道计算程序MOPAC的商业版本，同共享版相比，界面更友好，方法更多。计算出的分子轨道及电荷密度等可以用三维图形表示出来。/ 4.Spartan04图形界面的量子化学从头计算程序。理论方法：Hartree-Fork，密度泛函，MPn，相关能计算半经验方法，蒙特卡罗和分子力学。 计算类型：单点能计算，几何优化，组态分析。 全部计算和结果的显示都在图形界面下完成。 /Spartan.htm 5.AccuModel*：简单准确的分子力学计算软件，可以进行能量最低化，分项能量计算，各种结构参数计算等 AccuModel软件的性能和使用 AccuModel软件的性能和对系统的要求： AccuModel软件的操作界面和基本操作： AccuModel软件的基本应用方法 AccuModel软件的性能和对系统的要求 系统要求：windows操作系统，CPU486以上，内存16Mb以上，彩色显示器，适当高标准显卡。 功能： 能够建立并演示准确的分子结构模型 提供计算结构参数和热力学参数的手段 基于优化计算对分子模型能够进行几何和构象处理 利用能量计算方法对分子进行构象分析 AccuModel软件的操作界面和基本操作 程序操作界面： 下拉菜单：位于顶部，共9组71条指令，包含所有操作指令。 工具按钮：位于菜单下面，共计26个。主要用于常规模型控制与计算操作。 工具板：位于窗口左侧，共计48项，主要用于建立准确的分子模型。 模型显示窗口：在屏幕中央，用于显示建立的准确分子模型的三维图形。 文字信息显示窗口：用于显示用文字表述的计算结果。 曲线图形显示窗口：以曲线图形式表述在计算过程中热力学参数的变化趋势。 AccuModel软件的基本应用方法 建立准确的分子模型并进行多种格式显示 对分子模型进行能量最低化计算和优化 分子能量参数的计算 分子基本参数的测定和计算 分子的构效分析 建立准确的分子模型并进行多种格式显示 启动软件，并进入分子模型构筑状态 选择分子模板或者相应工具按钮在窗口中初步建立分子模型骨架。 对分子模型中的原子和化学键根据要求进行调整和修改。 对分子模型进行能量最低化计算和优化，得到准确的分子模型。 采用三维多格式显示。 对分子模型进行能量最低化计算和优化 建立或输入一个符合要求的分子模型 打开能量最低化参数设定窗口，进行计算参数设定，包括选择计算方法、力场选择、优化和显示参数选择。 通过computation 指令或按钮进行优化运算，运算过程中分子模型结构不断随之进行调整。 打开文字信息窗口可以显示计算过程得到的所有数据。 打开曲线图形窗口后进行能量最低化可以看到动态的能量曲线变化。 分子能量参数的计算 建立或者输入一个符合要求的分子模型 启动菜单中computation/calculate energy指令进行能量计算，计算结果显示在文字信息显示窗口中。 计算的能量包括分子的总能量、伸展能、弯曲能、扭曲能、电子能和其他组合能量 如果要获得更详细的能量数据，需要启动Computation/output energy detail指令，计算结果作为一个独立的文件存储，除了上述能量外还增加了其他类型的能量值 分子模型窗口、文字信息窗口和曲线图形窗口可以单独打印和输出。 分子基本参数的测定和计算 输入或者建立一个合理的分子模型，最好事先经过能量最低化处理。 启动analyze/calculate molecular properties指令进行计算，可以得到以下数据：分子组成式，分子量、分子外型尺寸、分子体积、偶极矩、对称度、环指数、分子密度、中心分支度、分子柔性等。 测定结果显示在文字信息窗口中。 对其他几何信息也可以利用测定工具进行直接测定。 分子的构效分析 构效关系的定义：通过理论分析或数学计算得到化合物分子结构与相应性质之间定量或定性关系的过程。 测定方法