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18 生物学通报 系统生物学的研究进展 常 畅 (南京农业大学生命科学学院 江苏南京 210095) 摘要 系统生物学以系统的观点．运用工程和计算机技术及各种先进的生物学研究手段研究细 胞中所有基因和蛋白质，来解释生命的奥秘。系统生物学是在基因组序列的基础上完成由生命密码到 生命过程的研究，了解系统的结构和功能，揭示系统内部各组成成分的相互作用和运行规律。从系统生 物学的产生背景、发展现状和研究目标、研究平台、研究动态等方面综述了系统生物学的研究。 关键词 系统生物学 基因组学 蛋白质组学 代谢组学 生物信息学 计算生物学 合成生 物学 系统生物医学 中图分类号：Q1文献标识码：A 系统生物学是在整体水平上研究生命现象的科 物系统所有蛋白质的组成和相互作用关系有了更深的 学。以系统的观点，研究生物系统中所有组成成分(基 了解，基因组学和蛋白质组学中的高通量方法为系统生 因、mRNA、蛋白质等)的构成，以及特定条件下这些组物学发展提供了大量的数据。计算生物学通过数据处 分间的相互关系的学科，从分子、细胞、器官到机体和 理、模型构建和理论分析，成为系统生物学发展的一个 从个体、群体到生态系统的不同层次上生物信息的整 必不可缺、强有力的工具。随着人类基因组计划等的进 合和定量化。系统生物学利用各种基因组学和蛋白质 展，生命科学步人了功能基因组时代。生物学在基因组 组学的技术，来研究生物种属间分子影响差异．从而 学、蛋白质组学等新型大科学发展的基础上孕育了系统 外推环境化学在种属间作用过程，建立数学模式评估 生物学。 mRNA、蛋白质、代谢水平的变化或差异，阐明整体生 生物体是由大量结构和功能不同的元件组成的 物学效应。系统生物学将生物学由描述式的科学转变 复杂系统，并由这些元件选择性和非线性的相互作用 为定量描述和能预测的科学，从系统层次对生物系统 产生复杂的功能和行为。生物体的复杂性和大量过程 的模拟、控制和设计将为系统水平的治疗手段提供基 的非线性动力学特征要求建立多层次的组学技术平 础。它在优良种质资源培育、预防医学、疾病防治、新 台，研究和鉴别生物体内所有分子及其功能和相互作 药研发、促进健康、提高生命质量和延长寿命等方面 用。系统生物学的重要任务就是要尽可能地获得每个 有着广阔的应用前景．不仅推动生命科学和生物技术 层次的信息并将它们进行整合。以工程和计算机为代 的发展，而且对整个国民经济、社会和人类本身产生 表的多学科在生物学领域的融合大大推进了对基因 重大和深远的影响。 产物(特别是蛋白质)特性和功能进行研究的高通量实 1 系统生物学产生背景 验技术的广泛应用。基因组学和蛋白质组学中的高通 20世纪分子生物学的诞生使传统生物学研究转变 量方法为系统生物学发展提供了大量的数据。 为现代实验科学。生物学经历了由宏观到微观的发展过 生命科学的研究模式发生了深刻变化：1)传统生物 程，由形态、表型的描述逐步分解、细化到生物体的各种 学研究以小型实验室和“单干”的研究模式为主，仅限 分子及其功能的研究。1953年Watson和Crick建立的于研究细胞内个别的基因或蛋白质，不能解释系统的内 DNA双螺旋结构模型是生物学进入分子生物学时代的 部组成成分和动力学过程。系统生物学特点是对理论 标志，生物学由宏观生物学进入微观生物学；生物学研 的依赖和建立模型的需求。它强调对系统行为和特性 究由形态、表型的描述逐步分解、细化到生物体的各种 进行精确数量化的描述和模拟，即由数据中做观察，比 分子及其功能的研究。进入了对生命现象进行定量描述 较，进而提出假设