3MBA类FtsZ蛋白抑制剂的分子动力学模拟及抗菌作用机制.pdfVIP

物理化学学报(Wuli Huaxue Xuebao) 566 Acta Phys. -Chim. Sin. 2015, 31 (3), 566-575 March [Article] doi: 10.3866/PKU.WHXB201501061 3MBA 类FtsZ蛋白抑制剂的分子动力学模拟及抗菌作用机制 张 贺 卢俊瑞* 穆江蓓 刘金彪 杨旭云 王美君 张瑞波 (天津理工大学化学化工学院, 天津300384) 摘要: 采用分子动力学模拟、蛋白质二级结构测定(DSSP)、口袋体积测量(POVME) 以及MM- PBSA (molecular mechanics Poisson-Boltzmann surface area)方法, 系统研究了金黄色葡萄球菌丝状温度敏感性蛋 白Z (SaFtsZ)-二磷酸鸟苷(GDP)二元复合物和SaFtsZ-GDP-3MBA (3- 甲氧基苯甲酰胺)类衍生物三元复合物 体系的稳定性、蛋白质二级结构、蛋白质构象、关键残基质心距、活性口袋体积以及相对结合自由能的变化规 律. 研究表明: 当不含抑制剂存在时SaFtsZ-GDP 二元复合物体系稳定性较差, 其T7Loop 区域残基(203 -209) 波动较大, 且蛋白二级结构发生明显变化, 活性口袋体积急剧减小, 底物通道显著变窄且不稳定. 而含有抑制剂 PC190723、Compound1 的类衍生物三元复合物体系的表现截然不同, 这主要是由于它们均能和活性口袋 T7Loop 区周围残基形成关键性的氢键以及疏水作用, 与FtsZ 蛋白紧密结合. 在SaFtsZ-GDP-3MBA 三元复合 物体系中, 3MBA 仅能与活性口袋中部分残基形成疏水作用, 与FtsZ 蛋白亲和力较弱, 使其不能稳定地存在于 活性口袋中, 进一步导致它的抗菌活性明显低于PC190723、Compound1. 这些发现深入揭示了3MBA 类衍生 物对FtsZ 蛋白的作用机制和影响规律, 为该类FtsZ 蛋白抑制剂的结构优化和产品开发应用提供了重要的理论 依据. 关键词: 3MBA类衍生物; FtsZ; 分子动力学模拟; 抗菌作用机制; 结合自由能 中图分类号: O641 Molecular Dynamics Simulation and Antibacterial Mechanism of 3MBA Derivatives as FtsZ Protein Inhibitors ZHANG He LU Jun-Rui* MU Jiang-Bei LIU Jin-Biao YANG Xu-Yun WANG Mei-Jun ZHANG Rui-Bo (School of Chemistry and Chemical Engineering, Tianjin University of Technology, Tianjin 300384, P. R. China) Abstract: In this paper, the complex stability, secondary structure, protein conformation, residue distance, active site volume, and binding free energy of the binary complex of filamentous sensitivity division protein Z