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系统生物学和新兴的系统医学 许秀竹 2009.10.09 引 言 系统生物学是一种把生物学看作系统科学 的方法，它把生物系统看作一个整体来研究； 功能是：识别现存系统中保存、传播、调 整和被生物网络整合的生物信息。 采用从上到下和从下到上相结合的方法。 现代系统生物学的五个独特的特征： 1)各种全局或可能的最大范围的生物信息 的测量，如：测量所有基因的数字代码，所有 蛋白质的浓度等等； 2)不同层次的信息必须被整合，以便我们 理解或获取环境如何改变每个生物信息层级（ DNA,RNA,蛋白质，相互作用，生物网络，细 胞，个体和生态学）中基因组的基本的数据信 息，并且引起生物学反应； 3)当系统获取、传播、整合和利用实现两个 基本的生物体反应所必须的信息时，所有的生 物学系统必须被动态的研究； 4)所有的测量必须定量测量可能的最大范 围； 5)来自不同信息层级的全局和动态数据必 须被整合和建立模型（这些模型必须产生生物 功能和可以通过系统干涉的实验测试的致病机 理的假设）。 生物学的信息革命带来了系统医学的出现。 这一变化的关键是： 大量的生物学信息将 会被利用。这些信息通过测量、可视化和计 算技术的快速进步变得可用。 最基本的两种生物信息：基因组的数据信息 ；周围环境的相互作用信息。 这两种信息综合起来指定了5个生命的基本 机制——进化、发育、生理反应、老化、疾病的 发生和发展。 两种技术： 高通量DNA测序：能够快速测序每个个人 的基因组，并以合理的成本提供个人的数据信 息，可能对未来的健康作出越来越准确的预测 ； 高通量测量技术：能够对产生于基因组和 每个个体的环境信息整合的动态环境信息进行 评估，提供了个体的实时健康评估。 医学的系统方法的基本观点： 疾病产生于基于干扰的疾病生物 网络； 干扰网络控制的基因表达的模式 的动态变化和改变引起疾病的表现。 一、在生物学和医学中的系统科学 A、系统生物学 生物学和医学的系统方法如何带来了革命性的医学观点？ 1.系统层次分析容易得到的生物学信息的两个主要方面是：基因组的静态数据信息；来自亚细胞、细胞、系统组织层次之间的环境相互作用的动态信息。 2.数字信息编码两种类型的网络：蛋白质 相互作用网络；基因调控网络。 3.在生物系统中，这两种网络紧密结合。 4.这些网络的组织可以用各种测量推断。 有多个信息和组织层级。 B、系统医学 系统医学的中心前提是： 1.基于干扰的疾病网络改变基因和蛋白质 的表达模式； 2.这些改变的模式编码动态疾病病理，并 且必然导致能够被临床检测的分子指纹的 改变。 技术： 1. 组织和血液分析的测量技术和计算分析 工具的进展，能够使我们阅读一些信号来做出 区分健康和疾病的多重诊断； 2. 生物信息学的多参数分析； 3. 病理学过程的分子指纹。 与健康和疾病相关的信号可以在多个位点 发现，血液可能是含有信息最的多的器官。 信息载体有：血液中分泌的生物分子，循 环细胞的转录组和蛋白质组。 这些动态变化的，基于干扰的疾病网络产 生了两个重要结论： 1.有关临床的或组织学的变化之前，某些 重要的网络节点的变化是明显的。 2.发病期间变化的许多蛋白质子网络影响 与疾病病理一致的表型症状的变化。 另一个需要解决的关键问题是：如何最好的分离疾病信息的两个方面，即： 疾病分层（哪种类型的癌症是存在的）； 疾病进展（某一阶段的癌症的分层时间）。 分子标记的变化可以表明不同疾病的存在和它们的状态。 未来的挑战：开发分析工具，使得能够区分生理状态的位置，临床上关于临界点的两个方面。 二、多参数血液标志物 原则上，如何把血液样本用作区分健康和疾病 状态的窗口应该是很明显的。 实际存在的困难有： 1.在大量的分泌蛋白阵列中识别疾病状 态的标记物的任务是严峻的。由于：血液中存 在上百万种不同的蛋白质；它们表达的不同层 次太多（有1012）。 2.区分来自背景噪音（生物学的或者测量 的噪音）的信号的挑战也是重要的。噪音资源 包括：测量错误、种群的多态性、环境的变化 、随机变化、和通过混合和其他分子运输过程 的信号稀释。 因此， 增强信号减少噪声将是预测医学研 究的主要主题。 减少遗传多态现象和健康史噪音的重要的 策略：对单个病人实行