EST技术和其在药用植物功能基因挖掘中的应用研究.pdfVIP

EST技术及其在药用植物功能基因挖掘中的应用研究 宋经元，吴春颖，陈士林★ (中国医学科学院中国协和医科大学药用植物研究所北京100094 摘要：EST技术是认识生物体基因与基因组快速高效的研究手段，广泛应用于鉴定和发现新的基因、研究比较基因组学 和生物信息学、建立分子标记、构建生物体遗传图谱和制作基因芯片等方面。本文介绍了EST技术的原理、优势和研究现 状，综述了EST技术的主要研究方法及其在药用植物研究中的应用，讨论了EST技术在药用植物研究中的应用前景及应注 意的问题。 关键词：药用植物；EST技术；功能基因 1EST技术的兴起和发展现状 的开展于1991年提出”】，并首先应用于寻找人类新基因、绘制人类基因组图谱、识别基因组序列编码区圆 等研究领域，随后广泛应用于动植物基因组研究。根据GenBank 数目超过813万条，高居所有物种EST数目之首，动物和植物EST数目列前三名的物种分别是：鼠、牛、 结构基因组、功能基因组、比较基因组和蛋白质组学提供了有效的研究手段，为批量克隆功能基因和研究 基因功能建立了高效的技术平台，促进人们从整体水平去理解整个基因组之间结构与功能的相互关系以及 植物的代谢调控网络。 1．1EsT技术的原理 真核生物基因表达首先通过DNA转录成mRNA，然后m RNA， RNA经过一系列的剪接修饰形成成熟m 区)、ORF(开放阅读框架)、3’UTR(3’端非翻译区，包括polyA尾巴)三部分组成，成熟的mRNA分子通过 的一个表达基因，称之为“表达序列标签EST”【3】。如果将成熟的mRNA视为核酸序列经表达修饰后序列 变化的最终端，由它直接指挥蛋白质的合成，EST序列就是显示这个最终端的基因标签，也就是直接显示 其5’或3’端进行一步法测序巧’，获得的有限序列的集合形成一个物种某时期某部位的EST数据库，然后 对EST数据库与基因数据库已知序列进行比较，获得对生物体生长发育、繁殖分化、遗传变异、衰老死亡 等一系列生命过程认识的技术怕·。 1．2EsT技术的特点和优势 真核生物的基因组极其庞大，其中仅有很少序列(约2—3％)用于编码基因Ⅳ’。例如人类基因组大约 包含了31．6亿个bp，其中约有3．3万个基因参与人体生长发育所需蛋白质的基因编码博1；水稻基因组中大 约包含4．2亿个bp，其中参与编码的基因约有5万个p1。如果要逐一研究单个生物体如此巨大的基因组序 列，基本上是不可能完成的任务惭1。相对于基因组全序列测定，而EST技术具有非常突出的特点和优势： EST是直接编码蛋白质的有效基因序列的代表，它们直接反映了基因表达的生物信息，用EST代替基因组 测序，可使研究费用大大降低，效率大大提高；EST技术应用的研究对象可以是遗传背景还不清楚的实验 材料，十分符合药用植物的研究现状；EST技术是分离与鉴定新基因、构建遗传学图谱、研究基因定位和 基因表达谱、研究比较基因组学和生物信息学、建立分子标记等有效的工具…0’1”，也是一种快速有效揭示 基因组容量的方法u-。 232 列为共有序列，显示了CA和NA在基因表达上有非常显著的差异。进一步分析发现，早期光诱导蛋白early abundant P450和 light—inducedproteins(ELIP)1201、dehydrins／lateembryogenesis subunit beta—amylase在CA中有大量表达；而chlorophylla／b—bindingprotein，NADHdehydrogenaseI、plastidic aldolase和serine：glyoxylate 渗透调节、光抑制、光合成的蛋白也是抗冻物质的关键因子。 还有通过不同处理构建消减文库，可以研究动植物的个别特征表象和基因差别。玉米是世界主要粮食 作物之一，干旱胁迫是实际生产中一种最要重的胁迫，所以对玉米抗旱基因的研究有着非常积极的意义Ⅲ1。 DNA消减文库，并进一步构建EST文库∞1。研究人员随机对3168个克 龄)的混合组织(