新僵暗腹雪鸡和吐鲁番斗鸡转录组学的比较研究.pdfVIP

新疆暗腹雪鸡与吐鲁番斗鸡转录组学的比较研究 姜玲玲，姚刚+ 新疆农业大学动物医学学院乌鲁木齐市沙区农大东路31l号 摘要：新疆暗腹雪鸡和吐鲁番斗鸡是生存在新疆两个截然不同环境的地方特有禽类，两者对其特殊生存环 境高度适应，为了解两者对特殊生境的生物学适应性，本研究首次采用转录组测序对两者进行分析，共找 到HomologyGene29736个，差异基因也较多。本研究为禽类比较生物学研究提供大量数据，为禽类对极端 环境的适应研究提供基础，为新疆野生动物资源的保护性开发利用奠定生物学基础。 引言 暗腹雪鸡，通常栖息于海拔2500～5500m的高山草甸和灌丛带，主要以植物为食，是典型的高山耐寒 鸟类，在中国主要分布在西藏、新疆、青海、甘肃等地，年平均气温0-3。C。吐鲁番斗鸡是我国珍贵的地 方禽类品种之一，分布于新疆吐鲁番、鄯善和托克逊一带，最低处海拔一154m，年均气温11～13℃。这 两种生境截然不同的珍贵禽类肌肉都具有蛋白含量高、脂肪含量低的优良种质特性，且对特殊生境高度适 应。但目前对禽类特殊生境适应性的分子机制知之甚少，本研究采用新一代测序一高通量转录组测序 (RNA—seq)技术，对两种禽类进行研究，以探究特殊生境下禽类分子生物学特征。 材-t4-b--B法 本研究以两者骨骼肌组织为材料，每个品种做3个重复，进行高通量RNA．seq，将拼接好的转录本与 公共数据库进行比对，找出同源性基因，并进行表达量差异分析，其余的均视为差异基因进行统计，在此 基础上分别各对转录本进行注释、聚类、关键基因代谢通路的构建，在转录本水平上探究两者基因表达情 况。 结果 1、新疆暗腹雪鸡与吐鲁番斗鸡RNA．seq同源性基因分析结果：转录组测序得到暗腹雪鸡转录本218542个， 吐鲁番斗鸡183497个，其qbunigene分别为133589和128831。 2、新疆暗腹雪鸡与吐鲁番斗鸡的Unigene与NR数据库比较结果： 同，比例分布图如下： -Gallusgafiur, -Meleagnsgaflopavo -TaenioDygiaguttata ■AnolisCarolil．-eflsis ■Homo sapiens ■Musmusculus ■Macacamulatta ●Sarcc●philushdrrIj¨ PlasmodiumlaIchoarum3D7 ●MoflodelDhisdomestica 吐鲁番斗鸡 暗腹雪鸡 本次转录组测序得到了暗腹雪鸡和吐鲁番斗鸡的转录本数据可为今后分析两种珍贵禽类适应其特殊生 境的分子机制提供基础资料。 致谢：感谢新疆维吾尔自治区林业厅野生动植物保护处新疆野鸟疫病调查项目的资助。 51