《化学信息学》实验讲义.docVIP

化学信息学 实验讲义 上海大学计算化学实验室 2010年9月 实验一 模式识别投影图的绘制 一 实验目的 1 了解模式识别的基本原理 2 学习Master软件的使用 3学习运用Origin软件绘图 实验二 数据挖掘流程图的绘制 一 实验目的 1 熟悉数据挖掘的一般流程 2 学习SmartDraw软件的使用 二 实验内容 使用SmartDraw软件绘制如下所示的数据挖掘流程图。（在不改变流程内容的前提下，可以自行更改流程图的样式，使其清晰简洁美观）。 三 实验步骤 1 自行从web下载SmartDraw软件； 2 安装下载的软件； 3 使用SmartDraw软件绘制数据挖掘流程图，保存绘制的图。 实验三 化合物结构式的绘制 一 实验目的 1 学习化合物结构式的绘制 2 学习从国外网站下载所需要的软件 二 实验内容 使用Marvin Beans软件绘制N-(3-氧-3, 4-二氢-2氢-苯并[1-4]噁嗪-6-羰基)胍类化合物 其中R1、R2、R3、X分别是Me、Me、Iso-Pr、OMe。 三 实验步骤 1 登录 /download/marvin/for-end-users/ 下载Marvin Beans软件； 2 安装下载的软件，从桌面快捷方式运行MarvinSketch，绘制N-(3-氧-3, 4-二氢-2氢-苯并[1-4]噁嗪-6-羰基)胍类化合物（注意取代基的替换），保存绘制的图（可以直接保存到word）； 3 查看所绘制化合物的3D形态并保存。 实验四 SMILES简化分子线性输入规范 一 实验目的 1了解SMILES的基本内容 2 学习从web阅读信息并加以运用 二 实验内容 阅读有关SMILES的介绍，尝试从分子结构式写出SMILES，和从SMILES绘制分子结构式 三 实验步骤 1 阅读 /zh-cn/SMILES 的内容； 2 尝试写出以下所示分子结构式的SMILES表示； 3 尝试绘制CCC(O)C1=CC=CC(=C1)N(C)C的结构。 实验五 Endnote的使用 一 实验目的 1学习Endnote软件的简单使用 2学习文献检索的一般流程 二 实验内容 通过使用Endnote软件查询指定主题的文献以及查询相关的信息。 三 实验步骤 1 使用帐号密码登录上海大学乐乎FTP，地址为:21（如果没有FTP软件，可以自行到网上下载flashfxp软件的安装版），进入目录“/软件/行业软件/[Science]/”，下载Endnote X4 或是 自行到网上下载Endnote X4软件； 2 安装下载的软件； 3 使用内置的Web of Science搜索最新的五篇关于SVM(Support Vector Machine)的文献，选择其中一篇下载全文，使用chemistry期刊的样式保存五篇文献的参考文献格式的信息和所下载的全文； 4 从web查询所搜索的文献所发表期刊的最新的影响因子IF并记录。 实验六 4