基于图形硬件加速的生物序列比对算法研究.pdfVIP

第9卷第2期 生物信息学 V01．9No．2 201 1年6月 ChinaJournalofBioinformatics Jun．．2011 doi：10．3969／j．issn．1672—5565．2011．02．012 基于图形硬件加速的生物序列比对算法研究 张林，柴惠+，沃立科，袁小凤，黄燕芬 (浙江中医药大学生命科学学院，杭州310053) 摘 要：生物序列比对是生物信息学的基础，是当今功能基因组学研究中最常用、最重要的研究方法之一。本文对各类序列 比对算法优缺点进行分析，对图形硬件的优势进行挖掘。在此基础上，将各类序列比对算法中准确性最高的动态规划算法予 以实现，并将其映射到图形硬件上，以实现算法加速。通过实例进行性能评测，结果表明该加速算法在保证比对准确性的同 时，能较大地提高比对速度。 关键词：序列比对；动态规划算法；图形硬件 中图分类号：Q332；R318文献标识码：A 文章编号：1672—5565(2011)一02—146—06 BiologicalSequenceAlignmentAlgorithm ResearchBasedon HardwareAcceleration Graphics ZHANG Hui Yan—fen Lin，CHAI4，W0Li—ke，YUANXiao—feng，HUANG ChineseMedical (CollegeofLifeScience，Zhefiang University，Hangzhou310053，China) isthebasisof isalsooneofthemost methods Abstract：Biologicalsequencealignment bioinformatics，and popular forfunctional research．We and ofvariousof genomics analyzedtheadvantagedisadvantagetypessequencealign— ment andminedthe of hardware．Thenweachievedthe algorithms advantagesgraphics dynamicprogrammingalgo— rithmwhichisthemostaccurate ofall，and ittothe hardwareto the algorithms mapped graphics speedup algo— of rithm．Theevaluationthe showedthattheacceleratedcan thea— example performance algorithmgreatlyimprove ratiowhileensure lignment alignmentaccuracy． Keywords：sequencealignment；dynamicprogramming hardware algorithm；graphics 序列比对是生物信息学。1o的基础，它是指通过 头，其性能提升已经超