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昆虫基因测序研究进展 黄 弋殷幼平 摘要基因芯片技术和高通量测序技术的快速发展，使得多种生物体的基因缀、转录组和表 达谱研究褥以不断开展。两种类繁多、进化复杂、个体发育系统多样懿昆虫戆基医测痔研究 数据更是在近年来大量积累。目前，已有60余种昆虫的基因维，200余种昆虫的转录组被 溅序。本文介绍了毫虫基因组学和转录缝学的研究现状，并综述了昆虫基因缀学、转录组学 以及表达谱的研究进展。 关键词 昆虫，基因组学，转录组学，表达谱 在2l世纪，基因信息测序分析成为了生命科学走向成熟的里程碑。基因信息侧学分析 包括基因组测序、转录组测序和表达谱分析几大类。生物的基因组测序是对某个物种基因组 核酸序列的测定，最终确定该物种全基因组核酸序列的技术，它对于科学家认识研究物种进 化关系，阐明基因的结构与功能，挖掘细胞的发育、生长、分化的分子机理，疾病的发生枧 理等有重大的推动作用。转录组是特定组织或细胞在某一功能状态下转录出来的所有RNA 酶总和，包括mRNA帮墨錾编码RNA。转录组测序是基因结构秘功能磷究的基础，它熊砑究 对于真核生物的基因表达调控，癌症等疾病的发生机制和新治疗方案确定，遗传育种等方面 酶研究具有不可铸量的潢力。两基因表达谱是指通过构建处于菜一特定状态下戆细魏绒组织 群体缰成，从丽描绘该特定细麓或组织在特定状态下的基因表达种类帮丰度信患编制两成的 数据表。它是从mRNA水平反映细胞或组织的特异性表型和表达模式，对表达谱进行两两 沈较或多重比较，可以筛选出细胞特异性或是发育阶段特异性的基因，表达谱的研究为系统、 全面地了解发育、分化、进化和衰老等基本生命现象以及肿瘤、心血管疾病等危害人类健康 的重大疾瘸的发生机制提供了有效平台。 昆虫是动物界中无脊椎动物的节肢动物门隧虫纲的动物，是所有生物中种类及数量最 多的一群，也是世界上最繁盛的动物，已发现100多万种，在生物多样性中占有十分重要的 地镶，同时与人类的日常生活窝生产有着密不可分的关系。正因为如此，昆虫学研究历来备 受各国政府和科研机构的重视。从分子生物学技术应用于昆虫学研究以来，昆虫的基因数据 有了海量的积累。瑟基因组学的飞速发震对于科学家们迸一步了解生物豹速掩、进纯、系统 发育和具体的生物学过程有着极大的推动作用。近年来由于基因芯片技术和高通量测序技术 的深入发袋，大薰医学昆虫、经济蓖虫和农业嚣塞的基因缀释转录组籀继被测序，使褥蓖虫 的生物信息得到了不断地完善。 1昆虫基因组测序研究现状 大规模基因缀测序的方法主要分为第一代测序技术和新一代测序技术。其中第一代测序 技术包括了逐步克隆法(cloneclone)和全基因组霰弹法(WholeGenome by Shot-gun)，薪 作者简介：黄弋，博士研究巍，E-maih hyhy200@Z63．com：通讯作者殷幼平，博士生导师，E-maih ypyl28@vlp．sina．tom 一代测序技术又称为高通量测序技术。 因组复合序列就是大体上由细管电泳测序系统来测定完成的。第一代测序技术具有超高精 度，是迄今为止唯一既能为基因组既提供从头测序和又有从头组装技术的技术。第二代测序 技术靠的是连接测序，或者合成测序，包括焦磷酸测序和可逆性的链终止法。由Roche， lllumina,Helicos和Life Technologie以商业化提供的仪器，以短的连续性的片段序列和测 序阅读长度的形式，每周输出数十亿碱基对(Gbp)的DNA序列。第二代测序技术产生出 彼此重叠不高的相邻测序阅读片段，需要进行较高深度测序后再做序列拼接。不过，它们的 高数据产出量降低了耗材成本和测序运行的次数。第三代测序技术是对第二代测序技术的改 进，同时也研发了其他一些测序方法，目的在于提高测序速度和数据产出量。下表是现有测 序平台的详细介绍，并对每一种测序平台的优缺点进行了评估分析。 表1 测序平台信息及评估 测序 检测 大约读长(碱 第X代 公司 平台名称 优点 相对局限性