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多序列比对的两种新方法.pdf
32 2 ( ) Vol . 32 No. 2
2004 3 Jou nal of Hohai Unive sity( Natu al Sciences) Ma . 2004
陈 莹, 王能超
( , 430074)
: 对两种用于多序列比对的新方法 TCOFFEE 和MAFFT 进行了研究, 结果表明: TCOFFEE
是迄今为止准确性 高的方法, 但此方法速度较慢; 而MAFFT 则将FFT 运用于比对中, 使速度大大
提高, 并且与TCOFFEE 的准确程度相当.
: 多序列比对;TCOFFEE; MAFFT ; BAliBASE 比对数据库
:TP301. 6 : A : 2004)
.
[ 1]
, Ga illoLipman (HMM) .
CLUSTALW[ 2] .
TCOFFEE MAFFT , .
1 TCOFFEE
1. 1
TCOFFEE[ 3] ( T eebased Consistency Objective Function Fo alignmEnt Evaluation) ,
. .
. ,
ClustalW Lalign ; ,
, . , 2
SeqA: GARFIELD THE LAST FAT CAT
SeqB: GARFIELD THE FAST CAT - - -
16- 2
16 , 2 ( ) , w (S , S ) = 100%= 88%.
A B
16
. Clust alW Lalign ,
. , . ,
, . ,
, . ,
, ,
. .
, .
1. 2
TCOFFEE .
, . , .
, , . ,
, 2 , .
3
, , O(N L) (N , L
:
: ( 1980 ) , , , , .
240 ( ) 2004 3
3 2
) , O(N L ) . ,TCOFFEE
. , , ,
.
2 MAFFT
2. 1
MAFFT [ 4] (Multiple sequence Alignment based on Fast Fou ie T ansfo m) ,
. , FFT ! ∀, , TCOFFEE .
[ 5]
, , ( volume) ( pola ity) 2 .
v( a) - v p ( a) - p
a, v^ ( a) = ,p^ ( a) = . v,p 20
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