代谢组学介绍.pptVIP

Introduction of metabonomics/metabolomics 2009-06-26 The flow of the “omics” sciences: genomics, proteomics, and metabolomics Spratlin J.L. , et al. Clin Cancer Res, 2009 January 15, 15(2):431-440 What’s in a name? Metabolome “… refers to the complete set of small-molecule metabolites (such as metabolic intermediates, hormones and other signalling molecules, and secondary metabolites) to be found within a biological sample, such as a single organism …” Oliver et al., 1998 代谢组“是指基因组的所有下游产物也即最终产物的组合，这些产物是一些参与生物新陈代谢、维持生物体正常功能和生长发育的小分子化合物，主要是相对分子量小于1000Da的内源性小分子” 许国旺著. 代谢组学-方法与应用, 科学出版社，2008年第一版:第一章,P1-10 Metabonomics “…measurement of the dynamic multiparametric metabolic response of living systems to pathophysiological stimuli or genetic modification…” Nicholson et al., 1999 Metabolomics “...the complete set of metabolites/low-molecular-weight intermediates, which are context dependent, varying according to the physiology, developmental or pathological state of the cell, tissue, organ or organism…” Oliver 2002 代谢组学“是通过考察生物体系（细胞、组织或生物体）受到刺激或扰动后（如将某个特定的基因变异或者环境变化后），其代谢产物的变化或其随时间的变化，来研究生物体系的一门科学” 许国旺 2008 What’s in a name? Analytical plat-forms： (1) Nuclear magnetic resonance (NMR); (2) Gas Chromatography–Mass Spectrometry ( GC-MS ); (3) Liquid Chromatography-Mass Spectrometry ( LC-MS ); etc. GC-MS LC-MS Metadata obtain Tao X.M., et al. Anal Bioanal Chem., 2008, 391:2881-2889 Total ion chromatogram Data obtain (1) Filtering and peak detection 滤噪、峰检测 (2) Deconvolution 重叠峰解析 （3）Peak alignment 峰对齐、匹配 （4）Normalization 归一化 Data analysis and interpretation (5) 非监督的模式识别方法： 利用获取的样本信息，对样本进行归类，并采用相应的可视化技术直观的表达出来，不需要有关样品分类的任何背景信息。该方法将得到的分类信息和这些样本的原始信息（如疾病的种）进行比较，建立代谢产物与这些原始信息的联系，筛选与原始信息相关的标志物，进而考察其中的代谢途径。 常用的非监督学习方法如主成分分析(principal components analysis), 系统聚类分析… 主成分分析的基本思想： 对变量X进行线性变换，形成新的综合变量PC；根据实际需要选择2-3个PC进行分析，以达到降维和简化问题的作用（多元 二元/三元） PC1=a11X1+a21X2+ … +ap1Xp PC2=a12X1+a22X2+ … +ap2Xp 许国旺等著. 代谢组学-方法与应用,