关联分析及其在植物研究中的应用.pdfVIP

河北农业科学 ，2010，14 (11)：157—160 JournalofHebeiAgvicuhuralSciences 关联分析及其在植物研究中的应用 李海权 ，刁现民 ， (1．河北省农林科学院谷子研究所 ，国家符子改 良中心，河北省杂粮研究实验室，河北 石家庄 050031；2．中国农业科学院作 物科学研究所 ，北京 100081) 摘要：关联分析是新近开始在植物数量性状研究和植物育种中应用的一种分析方法，它以连锁不平衡为基础鉴 定某一群体 内性状与遗传标记或候选基因间的关系，是对分子育种中QTL分析的补充和提高 主要介绍 了关联 分析的基础，分析 了关联分析的研究策略，讨论了关联分析在植物研究中的应用。 关键词 ：关联分析 ；研究策略 ；应用现状 中图分类号 ：S-03 文献标识码 ：A 文章编号 ：1008—163l(2010)11-0157-04 AssociationAnalysisand ItsApplication inPlants LIHai—quan ．DIAO Xian—min (1．InstituteofMilletCropsofHebeiAcademyofAgricultureandForestrySciences，NationalMillethnprovementCenter， CerealCropsResearchLaboratoryofHebeiProvince，Shijiazhuang 050031，China；2．InstituteofCropSciences，Chinese AcademyofAgricultureSciences，Beijing 100081，China) Abstract：Association analysishasbeenwidelyapplied inplantquantitativecharacteristicsand breeding．Association analysisisanapproachtoidentifytherelationshipofmolecularmarkersorcandidategeneswithtraitsinagivenpopulation basedonlinkagedisequilibrium (LD)thatcomplementsQTLsanalysisinthedevelopmentoftoolsfOrmolecularplant breeding．Thebasicstatisticprinciples，strategiesandcurrentsuccessfulapplicationsofassociationanalysisinplantswere reviewed． Keywords：Association analysis；Research strategy；Application status 关联分析 (Associationanalysis)，义称连锁不平衡 1．1 连锁不平衡 作 罔 (Linkagedisequilibrium mapping)或关联作 图 由于同一染色体上位点间紧密连锁或其他原因，在 (Associationmapping)，是一种以连锁不平衡为基础， 同一配子中某些等位基因的组合可能增加，这种遗传现 鉴定某一群体内目标性状与遗传标}己或候选基因关系的 象称为等位基因的连锁不平衡，也 叫关联 (Aassocia— 分析方法 。 tion)。当位于某一座位特定等位基因与同一染色体另一 ． 近年来 ，随着模式植物如水稻全基 因组测序 的完 座位的某一等位基因同时出现的概率大于群体 中因随机 成，植物基因组学的研究已经呈现出由简单质量性状 向 分布而使2个等位基因同时出现的概率时，就称这2个 复杂数量性状转移 的趋 势，特别是大量微卫星标记 位点处于连锁不均衡状态 。这种非随机分布可通过比 (Simplesequencerepeat，SSR)、单核普酸 多态标记 较患者与正常人群中有关遗传标记的等位基因频率测 (Singlenucleotidepolymorphism，SNP)的开发 以及生物 ， 以此找到连锁不平衡位点 中的相关基因标记 。如， 信息学的迅猛发展，