基于GPU的串匹配算法研究.pdfVIP

第26卷第7期 计算机应用 Vol.26No.7 2006年7月 ComputerApplications July2006 文章编号:1001一9081(2006)07一1735一03 基于GPU的串匹配算法研究 张庆丹，”，戴正华，,2冯圣中’，孙凝晖， (1.中国科学院计算技术研究所，北京100080;2.中国科学院研究生院，北京100080) (qingdan.zhang@) 摘 要:BF算法是串匹配算法中最基础的算法，但它是串行算法，不适合图形处理器(Graphic ProcessingUnit,GPU)的体系结构。结合GPU的特殊体系结构，通过数据存取方式和计算策略的改 进，充分利用了GPU的并行处理能力，从而基于GPU实现了BF算法。实验结果表明基于GPU的并 行算法能够取得较好的加速比，同时也给出了在现有GPU架构上有效实现通用计算的瓶颈。 关键词:图形处理器;通用计算;串匹配;并行 中图分类号:TP301.6 文献标识码:A Stringmatchingalgorithmresearchbasedongraphicprocessingunit ZHANGQing-dan2,DAIZheng-hua2,FENGSheng-zhong,SUNNing-hui (1.InstituteofComputingTechnology,ChineseAcademyofSciences,Beijing100080,China; 2.GraduateSchool,ChineseAcademyofSciences,Beijing100080,China) Abstract:BFalgorithmisthebasicalgorithminstringmatchingfield,butitisnotparallel,anddoesnotmatchthe systemarchitectureoftheGraphicProcessingUnit(GPU).ConcerningthespecifichardwarearchitectureoftheGPU,new methodofdataaccessingandcomputingstrategyoftheparallelBFalgorithmwasdesigned.Andbyfullyusingtheparallel capaticityoftheGPU,theGPU-basedalgorithmcanoutperformtheCPU-basedalgorithm.ThebottlenecksofGPU architectures alsopresented. Keywords:GraphicProcessingUnit(GPU);generalpurposecomputation;stringmatching;parallel 0 引言 1GPU串匹配方法 随着计算技术和集成电路技术的发展，图形硬件的更新速 本文主要根据GPU的硬件特性对BF朴素串匹配算法进 度也越来越快。GPU自1999年由nVidia公司提出以来，其发 行并行化的改进，使之适合于GPU的处理，充分利用GPU的 展速度是CPU的三倍多。多流水线结构、向量处理特性以及 并行及数据流处理能力，来提高朴素申匹配算法的速度。下 32位IEEE标准浮点精度的实现使得它对于计算密集型的科 面首先介绍串匹配算法的申行算法。 学应用有非常大的吸引力，越来越成为通用计算的一个有效的 1.1BF串匹配算法 并行平台1,〔21。近年来很多的科学计算都已经被移植到了 BF朴素串匹配算法的C语言描述如下: GPU这个平台上，诸如矩阵乘、3-SAT等经典的数值计算等。