REP、RAPD和PFGE方法在志贺菌分子分型中的应用评价.pdfVIP

中国 牛检验杂志 2015年2月第25卷第4期 ChinJHealthLabTec，Feb．2015，Vo1．25，No．4 · 分子诊 断与基 因检测 · REP、RAPD和PFGE方法在志贺菌分子分型中的应用评价 苑广盈 ，马全萍 ，闻新棉 ，边锋芝 ，孙玉国 ，郑秀峰 1．山东大学附属济南市传染病医院，山东 济南250021；2．济南市第四人民医院检验科，山东 济南250031 摘要：目的 探索 ·种简便 、准确、快速的分子分型方法用于志贺菌传染源的追溯和调查。方法 采用细菌基因组重 复序列(REP)、随机扩增多态性分析(RAPD)、脉冲场凝胶电泳(PFGE)分别对62株志贺菌进行分子分型，根据分型结 果 比较3种方法的优点与不足。结果 REP仅分出A、B2个型，RAPD可分出A、B、c、D、E、F6个型，53株福氏志贺菌 共分5个 PFGE带犁，9株宋内志贺菌为 1个型，包括3个亚型。结论 REP用于相似度较高的菌株分辨效果较差，不 适用于区域内菌株的分型 ；PFGE分型准确度高，但操作繁琐、时间较长；RAPD分型虽与PFGE分型有所差异，但分辨效 果较好，且操作简便、价格低廉。RAPD可用于细菌性痢疾暴发事件的分子流行病学调查。 关键词：志贺菌；分子分型；分子流行病学 中图分类号：R378．2 5 文献标识码 ：A 文章编号：1004—8685(2015)04—0548—04 EvaluationoftheREP．RAPD andPFGE inmoleculartypingofShigella YUANGuang—ying ，MAQuan—ping，WENXin—mian，BIANFeng—zhi，SUNYu—guo，ZHENGXiu—feng JinanInfectiousDiseaseHospital，AffiliatedtoShandongUniversity，Jinan，Shandong250021，China Abstract：Objective Toexploreanaccurate，simpleandrapidmoleculartypingmethodfortracingandinvestigatingtheinfec— tioussourceofShigella．M ethods 62ShigellastrainsweretypedbyREP，RAPD andPFGEmethodrespectivelytoanalyzethe advantagesanddisadvantagesofeachmoleculartypingmethod．Results Allthestrainscouldbedividedtwotypes(A，B)by REPandsixtypes(A，B，C，D，E，F)byRAPD，53ShigellaflexneriwerebeclassifiedfivePFGEprofilesand9Shigellason— neionlyhadonetypeincludingthreesubtypes．Conclusion REPshowspoorresolutionwhenusedtoanalyzethestrainswith high similarity，SOitisnotsuitabletogenotypethestrainswhichareisolatedfrom thesamelocality；PFGEmethodhashJghac— curacy，butitneedcomplicatedoperationandmoretime；AlthoughtherearesomedifferencesbetweenRAPD andPFGE，the RAPD methodhashigherresolution，simpleroperationandlowerprice．RAPDcanbeusedasamolecularepidemiologiealin— vestigationmethodofrdysenteryoutbreaks． KeyWords：Shigella；Moleculargenotype；Molecularepidemiol