现代生物技术在分子微生物生态学中的应用.pdfVIP

· 164· 国外医药抗生素分册2006年7月第27卷第4期 现代生物技术在分子微生物生态学中的应用 邓小宽 张新宜 田敏 (中国医药集团四川抗菌素工业研究所有限公司，成都610051) 摘要：微生物生态学研究中采用的分子生物学方法主要有标记核酸探针技术、基于P(R的分析方法、梯度 凝胶电泳方法、磷脂脂肪酸谱图分析方法、rI酬A序列同源性分析方法以及质粒、编码特殊蛋白质和低分子量RNA 基因分析等。这些技术方法的采用在微生物生态学研究中取得了重大的突破，使得对某些微生物的研究成为可 能，并在分子水平上阐述了其生态机制。 关键词： RNA基因； 中图分类号：Q81。Q938．1文献标识码： A 微生物作为自然界生物系统中的重要一员，就其 种类和数量而言，是地球上仅次于昆虫的第二大类生 测、跟踪环境中特定的基因或DNA序列及其宿主微 物。由于频繁的遗传物质交换，微生物群落遗传稳定 生物，使得核酸杂交技术在微生物生态领域发挥了重 性相对较差，这是导致目前所建立的微生物分类系统 要的作用。不同的微生物类群都各自携有某些特殊的 还不十分完善的主要原因。加上微生物生物代谢途径 遗传信息，我们可以从某一个微生物有机体的基因组 的多变性和复杂性，大量微生物的不可培养性给传统 中检测到特定的基因，也能从许多微生物有机体的基 微生物生态学研究带来了相当大的困难。自1953年因组混合物中检测到同样的基因，从而检测到携有该 以来，许多分子生物学研究方法和理念被应用到微生 特定基因的微生物种的存在。 物生态学研究中，使关于微生物多样性、微生物种群动 1．1分子杂交及同源性分析 力学、重要基因定位、表达调控及其基因水平转移对生 态系统的影响等方面取得了长足的进展，极大地推动 方法是分子微生物生态学发展初期采用的主要研究方 了分子微生物生态学的发展…。 法，是研究微生物区系系统发育关系、微生物鉴定、微 分子微生物生态学就是运用分子生物学的方法和 生物物种之间同源性等分子微生物生态学研究方法的 技术，在基因水平上估计种的个体丰度，查明种的变异 情况以及探究群落中微生物间相互关系的科学。生物 重组。它提供了检测核苷酸序列相似性的一种通用方 技术的应用，使我们不必培养微生物，而直接通过对环 法。由于起源不同的两条DNA单链之间重组是很难 境中遗传物质的研究来达到目的，它为微生物生态学 配对的，最多不会超过20％的核苷酸之间会形成双 的研究开辟了新的途径，本文将就分子微生物生态学 链，因此可以利用DNA相似值来估计序列的相似程 所涉及主要研究方法以及未来研究热点等加以讨论。 度。研究表明，DNA_DNA杂交在种水平上的分类是 1核酸杂交 非常有用的，但不能用来测定种问或亲缘关系更远的 核酸杂交技术为微生物生态学的研究提供了一种 微生物。 强有力手段，通过它可获得众多传统技术难以培养或 1．2标记核酸探针技术 鉴定的自然种群的DNA信息，在环境中跟踪特定的 由于某个基因对于特定的微生物种可能是独特 基因及其宿主微生物，并且可以在同一时间研究多种 的，在这种情况下，这一DNA顺序就有利于检出这类 微生物。核酸杂交技术较早时常被用于异源双链核酸 特定的微生物体。或者这个基因可能编码某一代谢途 分子的分析以探讨两种核酸分子之间序列的相似情 径中独特的酶，用该序列构建出的基因探针就有可能 况，通过电子显微镜观察杂合分子上的单链(非互补) 指示外部环境中一类微生物的存在。 和双链(互补)区域，通过异源双链核酸分子杂交分析 1．2．1荧光原位