粪便DNA抽提方法的比较研究.pdfVIP

生堡拴坠医堂塞盍!Q盟生!旦筮2Q鲞筮!翅g!垫』!坐丛鲤：地!!瑾!Q盟，!生!Q，盟垒! ·67· ．基础实验诊断研究． 粪便DNA抽提方法的比较研究 吴仲文韩樱鲁海峰李兰娟盛吉芳左健 【摘要】 目的比较国际主要微生态实验室4种常用的核酸抽提方法获得的粪便DNA的质 量。方法采用针对目的细菌(总细菌、类杆菌一普氏杆菌属组、双歧杆菌、肠杆菌科细菌及肠球菌) 168 rDNA的特异性引物及实时定量PCR方法，分析QIA蛐po粪便DNA试剂盒法(QIA法)、F鹊t DNAo硒t试剂盒法(Fast法)、酚-氯仿．玻璃珠击打法(酚·氯仿一玻珠法)及QIA锄poDNA粪便试剂 盒+玻璃珠击打法(QIA+玻珠法)4种方法抽提获得的10份人粪便DNA的质与量。结果通用引 物特异性扩增粪便总DNA，发现4／10份由酚-氯仿一玻珠法获得的粪便DNA中存在PCR抑制剂，过 柱纯化后PCR抑制现象消失。实时定量PcR检测粪便总细菌量，以QIA法与QIA+玻珠法获得的量 最高(分别为12．16±o．18，12．05±o．48)，而F鹊t法与酚一氯仿一玻珠法获得的粪便细菌量(分别为 ±0．51)及QIA+玻珠法(11．67±O．56，8．77±O．56)抽提获得的粪便类杆菌-普氏杆菌及肠杆菌科细 菌的DNA量显著高于F髂t法(10．67±0．47，7．39士0．51)及酚一氯仿-玻珠法(10．65±O．33，7．40± 0．18)(均PO．05)。对于双歧杆菌，酚-氯仿一玻珠法获得的量显著低下。但对肠球菌而言，以Fast 法获得的量最高。结论实时定量PcR检测结果表明，QIA法及QIA+玻珠法获得的粪便DNA质与 量总体上优于Fast法及酚．氯仿．玻珠法，但根据不同的目的细菌群对象可以选择不同的方法。 【关键词】粪便；DNA；聚合酶链反应 ofh硼眦鼬咖DNA 聊 A咖pa—s蚰of蠡眦rmemo凼for既h翟c娃on by璐i雌real恤鼬PCR Z砌，|g-雠n，删Ⅳ-Mr|g，￡U舭f扣，lg，Ⅱ眈n和∞，S月EfvG皿细皤，Z∞胁m脚口咖wm旷切‰t如淞 蜘船，研鼬旷倒％眦幻淞胍e口螂，胁n括砂旷P如‰月|e口姚，tk砌龇锄{玩把d觑即讹Z，zk洳增 踟觇黯渺，砌，舻bM3J伽雪，吼i船 cD唧，油增口埘_110r：廿‰√妇n，肋l口以：弘@巧讥t．g伽．饥 To tlle ofe姐狮ti伽ofhum蚰‰al 【Abst隋ct】objec廿ve relative栅cacy明dqIlaHty compare DNA fourmethods．MenIodsReal．timePCRwereutilized botll u8ing for蚰aly8isqIl柚曲cation肌dqual畸 ofthe all fecal协rgeted bacteria(includinggut eub们te矗um，丑∞抛砌d∞一舟撇z地gmup，曰班如6口c耙^“m 16srRNA or 点印西妇rD6们f硎口ce口e舳dEn抛愀c淞置Pp)byusing ge腿-targetedgenusgroup·speci6c 8ets．Resu№Therat0fPCR f汹method primer negative product 3(phen01．chlomfb珊plu8bead．beating) w硝about PCRinhibition DNA 40％(4／10)byu8inguniversal鲥me鹅，tlle di8印pemd幽erfec8l pu娟ed witllcoIumn．Thetotalfecal16srRNA 0fwet