ADF教程：如何计算氨基酸在水溶液中原子的电荷分配.pdfVIP

费米科技 （北京）有限公司 如何计算氨基酸在水溶液中 原子的电荷分配-ADF 说明：氨基酸在水中通常会形成H 键。因此不能使用通常的溶剂化模型如COSMO 、SCRF 等 等来描述，而应该将溶剂分子直接地与溶质分子同等地考虑在内。但溶剂分子的热运动导致溶剂分 子相对于溶质的位置比较难以确定。 精确的处理这类问题，需要进行第一性原理分子动力学或者第一性原理的蒙特卡洛模拟，得到溶剂分 子相对于溶质分子的位置。这样工作量比较大。 一个比较节省的，可靠性也较高的方式，是将溶剂分子按可能形成氢键的位置预先摆放在溶质分子附 近，通过几何结构优化，找到溶剂分子相对于溶质分子的位置。然后基于这样的几何结构计算原子的电荷 分配。 我们以甘氨酸举例。 （1）初始猜测氨基酸在水中的分子结构，并优化（注意：泛函此处选择Camy-B3LYP，是由于B3LYP 对氢键描述的不好。如有比camy-B3LYP 更合适的泛函应参阅相关文献）： 费米科技 （北京）有限公司 （2 ）基于优化之后的结构，计算电荷分布（AIM 或NBO。强烈不推荐Mulliken 电荷，定性的可靠度 太差），如何导入优化好的结构参考“结构优化”。 费米科技 （北京）有限公司 保存，并运行。 （3 ）查看AIM 电荷或NBO 电荷。在任意窗口，点击SCM——View ： 费米科技 （北京）有限公司 即可显示原子的Bader 电荷。