乳腺癌、大肠癌的发生发展和预后转归的遗传机制研究.pdfVIP

乳腺癌、大肠癌的发生发展及预后转归的遗传机制研究 王志敏1符德元2徐烨’彭俊杰’王海丰。王蓓兰。 费菲2张晨辉‘蔡三军’邵志敏2黄薇1 1国家人类基因组南方研究中心，上海，201203 2复旦大学附属肿瘤医院乳腺外科，上海，200032 3复旦大学附属肿瘤医院大肠外科，上海，200032 通讯作者：黄薇，Email：huangwei@chgc．sh．cn 19505 上海科委科技攻关项目编号：07dz 乳腺癌和大肠癌都是最常见的恶性肿瘤。对其发生发展的遗传机制和预后转 归研究为乳腺癌和大肠癌的预防、早期诊断、预后评估提供了参考和借鉴。 Part h乳腺癌发生发展的遗传机制研究 目标：乳腺癌是女性最常见恶性肿瘤之一，但是乳腺癌真正的发病机制至今还没 有完全了解。我们拟从表达谱比较基因组一表观遗传学-SNP-CGH全基因组芯片多 角度出发，以期发现新的乳腺癌相关基因，并初步了解其生物学功能和作用机制。 方法：利用业已建立的BeadArray激光共聚焦微珠芯片平台，通过全基因组表达 谱芯片及甲基化芯片，比较乳腺原发癌与其配对的癌旁组织中基因表达、甲基化 状态的差异，从而寻找乳腺癌发生、发展相关候选基因。利用RT-PCR和实时定量 PCR技术检测候选基因mRNA在细胞和组织中转录水平；应用基因甲基化特异PCR (MSP)、亚硫酸氢盐测序(BSP)、HpaII酶切偶联实时定量PCR等多种方法进 行基因的甲基化状态分析。同时通过HumanCNV370-Duo—vlBeadArray解读染色体 基因拷贝数变化和LOH，有机整合上述数据，分析乳腺癌各种临床指标与基因表 达水平与表观遗传学和CNV之间关系。 结果：从表达谱和表观遗传学两条路出发，我们发现ECRCA和EphA5、Soxl7等 与乳腺癌发生相关，尤其是这些基因的甲基化状态与肿瘤的发生，转归等密切相 关。 苷药物处理，ECRCA表达显著上升。在16对配对样本中，我们发现75％的样品 癌组织表达水平比癌旁低50％以上，2例样本癌与癌旁无差异，2例样品癌中高 表达(P=0．013)。并且肭高甲基化与表达显著负相关。67对乳腺癌／癌旁 组织的ECRCA甲基化检测显示：癌组织中59．7％样品高甲基化，而癌旁中只有 14．9％高甲基化。甲基化状态在癌与癌旁中存在显著差异，比值比为3．393(P= 个体处在高甲基化状态，而I-II级低甲基化和高甲基化个体各占50％(P= 0．033)。 ephA5在5个乳腺癌细胞株不表达或低表达并与甲基化密切相关。同样经5． 氮．2’．脱氧胞苷药物处理细胞，表达显著上升。针对3l对配对组织的mRNA表达 水平与甲基化水平进行了研究揭示：甲基化与非甲基化个体在癌与癌旁中的表达 变化存在显著差异妒=0．017)。在肿瘤组织中77．4％样品检测到了甲基化，而对 平比癌旁低50％以上俾o．001)。更为重要的是EphA5甲基化状态与肿瘤分级、 淋巴结转移与否、孕激素受体阳性与否显著相关(P=0．024，0．004，0．008)． 经5．氮-2’．脱氧胞苷药物处理后，乳腺癌细胞株中Soxl7重新开始表达， 关，癌组织中74-3％样本Soxl7是甲基化的而配对癌旁只有31．9％甲基化(P o．oooD，并且Soxl7甲基化状态与肿瘤分期和是否淋巴转移密切相关(P=0．028， 0．013)． 同时我们发现GPx3的表达与CNV有密切关系，不同拷贝数对应的转录水平 存在显著差异(尸=O．027)。通过直接测序确证了GPx3的体细胞CNV，实时定量 PCR揭示了GPx3的CNV变化与雌激素受体阳性与否密切相关。 CNV的研究，对于我们发现乳腺癌 结论：全基因组表达谱、表观遗传学和DNA 相关基因和分子诊疗有很大帮助。ECRG4，Soxl7，EphA5的表达水平与甲基化状 态以及GPx3的CNVs与乳腺癌的发生、发展密切相关，并且可以作为乳腺癌 诊断的新分子标记。但全面认知乳腺癌和将我们发现的分子标记用于临床任重而 ’】^、一 追迈o． Part II：大肠癌预后转归研究 目标：大肠癌是目前最常见的恶性肿瘤之一，我们面临的大部分患者是中晚期病 人，而在能够手术的II期和III期患者中，约20％和50％患者最终会发生复发和转 移，需要接受辅助治疗。如何识别哪些患者将发生复发转移一直是我们关注的重 要问题。我们