第二代小RNA测序技术挖掘蜜蜂microRNA.pdfVIP

[M].1999-- }库 [M].19 EM]~1999-- 第二代小RNA测序技术挖掘蜜蜂microRNA 陈璇1 俞晓敏2 蔡亦梅2 郑火青1 余东亮3 胡松年2 胡福良1 1.浙江大学动物科学学院 杭州 310029 2.中国科学院基因组信息与科学重点实验室 3.浙江大学沃森基因组科学研究院 杭州 310008 中科院北京基因组研究所 北京100029 摘要 microRNAs(miRNA)在转录后水平调控基因表达，从而在许多生理和病理过 程中起重要作用。蜜蜂是社会性物种研究的一个关键模型，理论上讲，其复杂的社会行为可以 用基因表达的改变来解释，而miRNA很可能参与其中。我们用SOLiD测序系统对蜜蜂不同 发育阶段的小RNA构成的一个混合文库进行了测序，以从中识别出蜜蜂miRNA。结果获得 小RNA读出序列，并从中识别出713个新候选miRNA，其中192个新候选 miRNA在其他昆虫中具有同源序列。我们进行了靶基因预测并分析它们的功能，结果显示大 多数蜜蜂miRNA的靶基因在糖、氨基酸、脂肪和能量的代谢中起作用。本研究获得的结果可 作为蜜蜂发育过程以及一些人们感兴趣的现象如级型分化现象中miRNA调控网络研究的 基础。 关键词 microRNAs;蜜蜂;SOLiD测序;靶基因 Next-generationSmallRNASequencingforMicroRNAs ProfilingintheHoneybeeApisMellifera Chen-xuan1Yu-xiaomin2 Cai-vimei2 Zheng-huoqing1 Yu-dongliang3 Hu-songnian2Hu-fuliang1 1.CollegeofAnimalSciences,ZhejiangUniversity,Hangzhou310029,China; 2.KeyLaboratoryofGenomeSciencesandInformation,BeijingInstituteofGenomics,Chinese AcademyofSciences,Beijing100029,China;3.JamesD.WatsonInstituteofGenomeSciences, ZhejiangUniversity,Hangzhou310008,China Abstract:MicroRNAs(MiRNAs)arekeyregulatorsinvolvedinvariousphysiologicaland pathologicalprocessesviapost-transcriptionalregulationofgeneexpressions.HoneybeeApis melliferaisakeymodelforhighlysocialspecies,anditscomplexsocialbehaviorcanbetheo reticallyinterpretedaschangesingeneregulation,inwhichmiRNAsweresupposedtoin volve.ToidentifytherepertoireofmiRNAinhoneybeeApismellifera,wesequenceda mixedsmallRNAlibraryfromdifferentdevelopmentalstagesofhoneybee(Apismellifera)by SOLiDsequencingsystem,andacquiredatotaloawsequences,inwhich713no velhoneybeemiRNAswerepredictedandthecross-speciesanalysisshowed192novelmiRNAs havehomologsinotherinsects.Wepredictedtargetgenesandanalyzedtheirfunctions;there suitsindicatedmostofmiRNAstargetgenesofhoneybeeareinv