Helitron--玉米基因组结构变化驱动力.pdfVIP

Helitron——玉米基因组结构变化的驱动力 杜春光 蒙特克莱尔州立大学分子生物学系 摘要：基因组的演化是一个不断发展的动态过程，基因组的结构目前仍然 是生物学研究的核心问题之一。在玉米自交系中，就存在着不同自交系违反遗传 共线性的现象。近期发现的Helitron是一类在动植物的基因组结构变化中起重要 作用的转座元件，其重要特征是能够捕获赋予它们巨大演化潜力的基因序列。为 了更好地研究Helitron在现代玉米基因组结构演变中所起的作用和其自身的变异， 我们用自编的HelitronFinder程序对玉米基因组2.4Gb序列进行了搜索，推定出 2791个非自主性Helitron,其平均长度为11.9kb。我们对其中的272个Helitron 进行了更为详细的人工分析，发现它们携带来源于376个不同基因的基因片段， 单一的Helitron最多可携带9个不同的基因片段。这类非自主性Helitron至少占玉 米基因组的2％，并且它们中大多数在目前的自交系中均存在着有/无的多态性。 总之,Helitron是一类普遍存在的真核转座元件，可能通过捕获、倍增、基因或 基因片段迁移在真核基因组重塑中起到重要作用。 关键词：玉米；转座元件；Helitron 7，最近伺针笼杯舭缸 ！过程中表现出复制一 Helitron能否捕获一1 l氨酶和450单加氧酶 含一个有趣的嵌{ (LTRs)反转录转． 2610。然而，某型 Du等 (2008)报 道 Cornucopious 匕沈．z矗体^^旷噼■ 复性表 的Hell 列(TIR 4 H、 基因分别编码保！ 白，物理图谱位！ 含来自不同染色1 Hel1_303a）长度 获的基因片段来 中比在水稻或拟1 我们整理的 含很多种基因片J 枣因片段丢失i 玉因片段交换， 型都需要进一2 ：寸壬今 哺获片段之间垂 变将变的更加{ roluquefio）目前 ，凇，我们将拭 MITE的显 著增 HelitronsTheDrivingForceforMaize GenomeOrganization ChunguangDu MontclairStateUniversity,USA Synopsis:Genomeorganizationremainsacentralquestionofbiologysincegenome evolutionisadynamicandongoingprocess.Thegeneticcolinearityviolationsareob servedamongdifferentmaizeinbredlines.Helitronsrepresentanewclassoftransposable elementsrecentlyuncoveredinplantsandanimalsandplayavitalroleforcausingthe genomestructurevariations.OneremarkablefeatureofHelitronsistheirabilitytocap turegenesequences,whichmakesthemofconsiderablepotentialevolutionaryimpor tance.Todocumentmoreextensivelytheirvariabilityandtheircontributiontothere markablegenomestructurevariationofpresent-daymaize,wesearched2.4Gbofse quencesgeneratedbytheMaizeGenomeSequencingProjectwithourHelitronFinderpro gram.Weidentified2791putativenonautonomousHelitronsandmanuallycuratedasub setof272.ThepredictedHelitronsmeasure11.9kbonaverageandcarryfrom0to9 gen