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转录组学 张晓辉,刘健,李军建 产生背景 2006年5月，人类基因组的1号染色体测序完成，标致着人类已经完成自己基因组23条染色体中的22条染色体。同时，越来越多的基因测序工作也已完成，接下来的问题是这些基因的功能是什么、不同的基因参与了哪些细胞内不同的生命过程、基因表达的调控、基因与基因产物之间的相互作用、以及相同的基因在不同的细胞内或者疾病和治疗状态下表达水平等等。因此，在人类基因组项目后，转录组的研究迅速受到科学家的青睐。 概念 转录组是转录后的所有mRNA的总称。 转录组学（transcriptomics）就是在基因组学后新兴的一门学科，即研究细胞在某一功能状态下所含mRNA的类型与拷贝数。 转录组与基因组的区别 与基因组不同的是，转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下，其基因表达情况是不完全相同的。人类基因组包含有30亿个碱基对，其中大约只有2.5万个基因转录成mRNA分子，转录后的mRNA能被翻译生成蛋白质的也只占整个转录组的40%左右。通常，同一种组织表达几乎相同的一套基因以区别于其他组织，如：脑组织或心肌组织等分别只表达全部基因中不同的30%而显示出组织的特异性。 应用 转录组谱可以提供什么条件下什么基因表达的信息，并据此推断相应未知基因的功能，揭示特定调节基因的作用机制。通过这种基于基因表达谱的分子标签，不仅可以辨别细胞的表型归属，还可以用于疾病的诊断。 例如：阿尔茨海默病(Alzheimer′s??diseases,??AD)中，出现神经原纤维缠结的大脑神经细胞基因表达谱就有别于正常神经元，当病理形态学尚未出现纤维缠结时，这种表达谱的差异即可以作为分子标志直接对该病进行诊断。同样对那些临床表现不明显或者缺乏诊断标准的疾病也具有诊断意义，如自闭症。目前对自闭症的诊断要靠长达十多个小时的临床评估才能做出判断。基础研究证实自闭症不是由单一基因引起，而很可能是由一组不稳定的基因造成的一种多基因病变，通过比对正常人群和患者的转录组差异，筛选出与疾病相关的具有诊断意义的特异性表达差异，一旦这种特异的差异表达谱被建立，就可以用于自闭症的诊断，以便能更早地，甚至可以在出现自闭症临床表现之前就对疾病进行诊断，并及早开始干预治疗。 转录组的研究应用于临床的的另一个例子是可以将表面上看似相同的病症分为多个亚型，尤其是对原发性恶性肿瘤，通过转录组差异表达谱的建立，可以详细描绘出患者的生存期以及对药物的反应等等。  相关文献 标题：TRANSCRIPTOMICS: Digging deep with RNA-Seq 作者： Louisa Flintoft 发表时间：August 2008 发表期刊：Nature Reviews Genetics /nrg/journal/v9/n8/full/nrg2423.html TRANSCRIPTOMICS: Digging deep with RNA-Seq Louisa Flintoft The emerging view of eukaryotic transcriptomes is complex, involving overlapping transcripts, transcribed intergenic regions and abundant non-coding RNAs. A recently developed method — known as RNA-Seq — that uses high-throughput sequencing promises a more comprehensive understanding of this complexity. RNA-Seq involves direct sequencing of cDNAs using high-throughput sequencing technologies, allowing the level of transcription from a particular genomic region to be quantified from the density of corresponding reads. Unlike array-based approaches, RNA-Seq gives a potentially comprehensive view of the transcriptome. Another advantage is its ability to provide information on transcripts that are expressed at very low levels, limi