模拟退火方法在ER配体活性构象搜索中的应用.pdfVIP

第四届全国环境化学学术大会论文集f下册) 模拟退火方法在ER配体活性构象搜索中的应用★ 魏爱玲高常安张爱茜”王连生 (污染控制与资源化研究国家重点实验室，南京大学环境学院，南京，210093) 摘要利用模拟退火方法搜索两种高亲合力雌激素受体(estlogenreoBlMor，ER)配体的活性构象，并与人 类ERa的活性口袋对接，分析不同构象与受体口袋的作用方式，结果表明模拟退火方法可能获得更合理的 生物活性构象。 关键词模拟退火；雌激素受体：构象搜索；分子对接 0引言 Flex)(对化合物的构象搜索易陷入局域最小，难以遍历整个构象空间，而模拟退火方法 能够以一定概率接受较差解，这使得跳出局域最优解成为可能，采用这种方法进行构象搜索， 能够经历更广阔的构象空间，也就更可能找到接近真实状态的构象。本文利用模拟退火方法 搜索具有高亲合力的两种ER配体的活性构象，并讨论所得构象与受体口袋的作用模式。 1研究方法 选择17肛雌二醇和17a-雌二醇两种高亲合力ER配体，利用模拟退火方法进行活性构象 搜索，每种化合物最终得到10个构象(编号为DGl-DGl0)，计算各个构象的能量及对应 的受体结合自由能。利用人类ERa的配体结合区结构文件(PDB数据库中编号为1ERE) Inc．)软件FlexX模块完成。 建立受体模型。分子对接采用SYBYL7．0(Tripos 2结果与讨论 表l构象搜索得到活性构象的能量(kcal／m01)表2不同构象与hERa的结合自由能(kcal／m01) 17肛雌二醇和17u一雌二醇模拟退火方法搜索到构象的能量列于表l中，17弘雌二醇得到 的lO个构象中有6个、17]3．雌二醇有2个构象能量在19—20kcals／mol之间，接近能量优化 得到的最低能量值。计算每个构象与hE勋活性口袋的结合自由能(表2)，发现17a-雌二 国家863导向性项目(批准号：2006AA062424)，国家自然科学基金资助项目(批准号“通讯联系人 817 澜攀器瓣一 戮寨瓣燮粼 a b c 圈l17Q+I啦二醉DGl(a)、DG2(b)、DG8(c)与hERa话性口袋的作肘模式示意图 3结论 用筷拟退火耐两种ER配体化☆物的+勾象搜索找到了ER结台自由能型低的构象．从和 天然配体作用模式的比较中也rf以看i土：是合删的构象，墓于受体结构的璋论预测能给出可能 的受体作埘机制模型结果丧明模拟越火力法可作为种寻找化台物生物活性构象的构象搜 索方法。 作者简历 魏爱玲盘1981216硕士研究乍南京大学环境学院研究领域：典型有机污鞋物环境转化 行为的填验与模拟研究 8J 8