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不同土壤类型采用何种研磨方案效果最佳 我们在产品研发过程中需要收集大量各种各样的样品，然后找出最佳的微生物DNA 提取方法。所以当我们开发PowerLyer 的操作流程的时候，希望能找到适合各种样品的 一套方法。我们之前在研究均质研磨和研磨珠套管的时候就知道，根据土壤类型不同选 择合适的研磨珠可以增加 DNA 的得率。所以我们决定使用PowerLyzer 做一个类似的研究 去回答一个问题：在强力珠磨研磨机上使用一样的操作流程对不同类型土壤DNA 得率和 完整性结果是否一样？很多人通过查阅参考文献找他们一样的土壤类型的提取方法流 程，然后毫无优化改变地照搬。可是，一个提取方法能通用于所有类型土壤吗？ 在前面的文章 《DNA 提取 I：土壤的分子生物学特性》，我们对土壤的裂解均质有 了全面的了解。今天，我用实例来回答这些问题。我们使用高速研磨机（PowerLyzer ） 对比了两种不同类型土壤的 DNA 得率和完整性，其中一个粘土含量高，一个有机碳含量 高；还加入了两种不同研磨珠：0.1mm 玻璃研磨珠（货号 13118）和0.7mm 石榴石研磨珠 （货号13123）。结果很让人惊讶。 研究方法: 我们收到了来自加利福利亚州立大学土壤研究中心的不同类型土壤样品，并选择了 粘土含量差不多而有机碳含量有差异的两种土壤。其中一种含粘土 45%，有机碳2.5%； 另一种含粘土40%，有机碳高达5%。有机碳含量越高，生物量越多，意味着最终DNA 得 率越高。 为了做对比实验，选择了 PowerSoil DNA Isolation Kit 的0.7mm 石榴石研磨珠和 PowerLyzer PowerSoil DNA Isolation kit 的0.1mm 的玻璃研磨珠。在PowerLyzer 上从 2000 RPM 起到最大转速 5000RPM，做系列研磨试验。每个样研磨45s。 PowerSoil 试剂盒提取的 DNA 用Nanodrop 分光光度计测量含量，跑电泳检查完整性。 把玻璃研磨珠做的结果用蓝色标记，石榴石研磨珠做的结果用红色标记，做成下面的条 形图。 结果： 粘土，低有机碳含量土壤： 从第一个图看得出来，高粘土含量土壤得率更高。我们可以看到玻璃研磨珠在 3900-4200RPM 的时候可以获得最高DNA 得率（条带 14、16）。很有趣的是，当研磨速度 超过 4200RPM 时，得率不升反降。证明，对土壤样品研磨过头，反而会导致 DNA 的损失。 就是说，获得最高得率的 DNA，有个研磨速度和时间上限。 我们还能看到，在低于 3900RPM 的时候，研磨珠和石榴石提两种土壤样品的DNA 得 率都差不多，为什么会出现这种情？ 有个理论解释说，土壤中含量两种主要成分：容易被裂解的、很难被裂解的。低速 研磨的时候两种研磨珠都轻易磨开容易裂解的成分，而 3900rpm 的情况下玻璃研磨珠把 另一个子集也裂解了。这部分可能是真菌和孢子。 可是，研磨太过的时候前面获得的DNA 就会被严重破坏降解，造成后面的低得率。 疏松高有机碳含量土壤 第二个图是一个高有机碳含量的相似土壤做的一样实验。粘土成分高达 40%，虽然 没有第一个样品45%的粘土含量高却得到不同的结果。 石榴石研磨珠、玻璃研磨珠在开始的时候 DNA 得率都差不多。但当到了 3200-3500RPM 以后，石榴石的表现则要好于玻璃研磨珠。可是在电泳上却看到DNA 破损相对严重一些。 断裂的DNA 片段推高了OD 值而会被误以为得率升高。所以我们一直建议最好测 OD 的同 时结合跑电泳评估检查DNA。 还有很多原因导致 OD 值不能完全反映真实DNA 得率，请看此文Popular Misconceptions about DNA Isolation and Quantification。 对于这种土壤类型，总的来说 DNA 得率还算高。使用石榴石研磨珠在一系列速度上 都能获得理想的DNA 得率，并且在 4200RPM 达到峰值，往后得率不随速度提高而增加。 这些数据证明，速度和时间已经到达极限，不能提取到更多DNA 了。 总结： 1- 上述数据告诉我们，土壤类型多样，每种都有自己独特的特性。沙滩砂土样品的 提取肯定跟森林土壤不一样，每个粘土样品之间可能会有差异性表现。土壤样品质地的 一致性、生物丰度不同、有机物含量不一等都会影响到最终你能获得多少DNA 和选择的 研磨方法。