武汉野田村病毒的分离和其分子生物学特性.pdfVIP

武汉野田村病毒的分离及其分子生物学特性 刘传凤张珈敏蔡大威胡远扬· (武汉大学生命科学学院病毒学国家重点实验室，430072武汉) 我们在菜青虫病毒的资源调查中，从自然罹病死亡的菜青虫体内分离到了一 种小型的球状二十面体病毒粒子，它不同于已经报道的菜青虫病毒中的任何一 种。通过对这种新的病毒的理化性质和基因组核苷酸全序列分析，我们确定该病 nodavirus，WhNV)。 通过匀浆、差异离心、蔗糖密度梯度离心、氯化铯等密度梯度离心等方法， 我们最终分离获得了高纯度的病毒粒子。‘该病毒在氯化铯中的浮力密度约为 1．3509／ml。负染电镜观察，该病毒粒子为均一的二十面体球形结构，直径约为 主要的衣壳蛋白和一个次要的衣壳蛋白所组成，分子量分别为40kDa和44kDa。 DNase I和RNaseA消化实验以及变性琼脂糖凝胶电泳结果显示，WhNV基因组由 两条单链RNA分子组成(RNAl和RNA2)，大小分别为3．1kb和1．5kb。 5’RACE等方法完成了WhNVRNAl和RNA2的核苷酸序列测定。该核苷酸序列已经 苷酸序列共计3149个核苷酸，其中G+C含量为45．8％；RNA2的核苷酸序列共计 readingframe，ORF)，该 读框查找显示RNAl上有一个大的开放阅读框(open 止密码子UAG，编码一个含1014个氨基酸残基，分子量为114，608Da的蛋白质 3’端还发现了3个潜在的编码蛋白B的开 一蛋白A，等电点为9．04。在RNAl B1，ORFB2-85和ORF 放阅读框(ORF B2-65)，这三个开放阅读框部分重叠，蛋 RNAI5’ 和 含85和65个氨基酸残基，分子量分别为9，197Da和6，867Da。WhNV 3’非编码区分别长33和71个核苷酸，5’端和其它野田村病毒相似，也是 (53．5％)的。WhNVRNA2上有一个大的开放阅读框，编码一个由430个氨基酸 RNA2 的衣壳蛋白。WhNV 5’和3’非编码区分别长16和252个核苷酸，5’端 也是AU-rich(14个AU)的，3，端G+C含量为44％。 白A的同源性却仅为24％或甚至更低。由此可见，WhNV是继PaY之后在蛋白A序 列上与B野田村病毒更相似的昆虫野田村病毒。通过多重序列比对，发现在WhNV 基。根据蛋白A氨基酸序列所做的WhNV与其它野田村病毒的进化树分析表明， 这些病毒共分成三个分支：鱼类野田村病毒SJNNV表现出与其它病毒亲缘关系最 远，独立成一个分支，而WhNV与PaY亲缘关系最近，形成一个分支，其它的昆 虫病毒形成另一个分支。 WhNV衣壳蛋白与野田村病毒科其它成员无论是Q属还是B属病毒的衣壳 蛋白的同源性都非常低，尽管与B属病毒的同源性略高。其中与LCEV的衣壳蛋 、 属病毒的衣壳蛋白序列一致性都低于20％。对whNV衣壳蛋白通过3D—PSSM在线 stunt 同源结构查找发现，WhNV衣壳蛋白的结构与番茄丛矮病毒(tomatobushy 并且，对WhNV衣壳蛋白序列与B野田村病毒属的几种病毒进行多重对比发现， 在WhNV衣壳蛋白序列上存在一个与B野田村病毒的保守区同源性更高的区域， 序列一致性大于30％。这表明像B野田村病毒一样，在WhNV衣壳蛋白序列上也 存在保守区和可变区。由此可见，WhNV在衣壳结构和衣壳蛋白基因的组织形式 上都与B野田村病毒很相似。 对WhNV理化性质、基因组组织、蛋白A和衣壳蛋白的同源性分析以及衣壳 结构的预测表明，WhNV与B野田村病毒更为相似，因此我们建议将其归为野田 村病毒科B野田村病毒属的一个新成员。其在生物防治中的地位有待进一步研 究。