2013-基因组规模DNA甲基化测序数据预处理及表观遗传分析.pdf

HEREDITAS (Beijing) 2013 6 , 35(6): 685―694 ISSN 0253-9772 综 述 DOI: 10.3724/SP.J.1005.2013.00685 基因组规模DNA 甲基化测序数据处理及其表观 遗传分析 王庭璋, 单杲, 徐建红, 薛庆中 , 310058 鉴定 DNA 甲基化胞嘧啶(mC)并能制作基因组规模甲基化图谱的新方法——BS-Seq, 最近已被开发, 它 是基于新一代高通量测序结合DNA 亚硫酸氢盐转换技术, 不仅可以从基因组规模洞察不同生物之间在DNA 甲 基化水平和模式上的差异, 也能从不同基因组区域, 包括基因、外显子、重复序列等方面, 阐明DNA 甲基化环 境和核苷酸偏好上的保守性, 加深理解DNA 胞嘧啶(C) 甲基化在调控基因表达和沉默转座子等重复序列中所起 的表观遗传学影响。文章举例介绍了 DNA 甲基化位点数据预处理的具体步骤, 通过处理分别将参考序列中的 胞嘧啶(C)替换成胸腺嘧啶(T), 鸟嘌呤(G)替换成腺嘌呤(A), 而将读序列中的胞嘧啶(C)替换为胸腺嘧啶(T) 。文 章综述了全基因组DNA 甲基化分析的主要内容, 包括：(1)不同序列环境下的胞嘧啶甲基化; (2)全基因组上的 甲基化的分布情况; (3)DNA 甲基化环境和核苷酸的偏好; (4)DNA-蛋白质互作位点上的DNA 甲基化; (5)不同基 因结构元件的胞嘧啶甲基化程度。DNA 甲基化分析技术为研究不同物种的表观基因组, 环境和表观互作提供了 强大的工具, 并为进一步发展人体疾病诊断和治疗方法提供理论基础。 新一代测序; DNA 甲基化; BS-Seq; 数据处理; 表观遗传学 Genome-scale sequence data processing and epigenetic analysis of DNA methylation WANG Ting-Zhang, SHAN Gao, XU Jian-Hong, XUE Qing-Zhong College of Agriculture and Biotechnology, Zhejiang University, Hangzhou 310058, China Abstract: A new approach recently developed for detecting cytosine DNA methylation (mC) and analyzing the ge- nome-scale DNA methylation profiling, is called BS-Seq which is based on bisulfite conversion of genomic DNA combined with next-generation sequencing. The method can not only provide an insight into the difference of genome-scale DNA methylation among different organisms, but also reveal the conservation of DNA methylation in all contexts and nucleotide preference for different genomic regions, including genes, exons, and repetitive DNA sequences. It will be helpful to under- 收稿日期: 2012−10−24; 修回日期: 2012−12−27 基金项目: (973 )(2