DNA遗传算法的C++实现与其在优化问题中的应用.pdfVIP

计算机科学2005Vol.321%8(增刊) DNA遗传算法的C++实现及其在优化问题中的应用 ImplementationofDNAGeneticAlgorithmwithC+十andApplicationinOptimizationProblem 马 跃 李 样 (贵州大学计算机软件与理论研究所 贵阳550025) AbstractBitserialcodingofsimplegeneticalgorithm(SGA)hasshortcomingsinexpressingoptimizationproblems, costingmoretimeandinefficiency,especially,manyoperationbasedongenearedifficulttobeimplemented.Inorder tosimulatebiologicalgeneticmechnismandgeneticcontrol,anewalgorithmisdevelopedthatbasedonamechanism ofchromosomeexpressionofDNAcoding.ThispaperdiscussestheDNAcomputingandDANgeneticalgorithms (DNA-GA)，andimplementsthedes咖 ofDNAGAwithC+十，andalsocomparesandanalyzestheresults from.DNA-GAandSGA. KeywordsDNAcomputing,DNAcoding,DNAgeneticalgorithm 1 引宫 DNA链的端点同另一个链连接在一起;DNA聚合 1994年南加州大学的L.M.Adleman教授在 酶，它的功能包括DNA的复制与促进DNA的合 ((Science》上发表了关于DNA计算的开创性文章， 成;外切酶，它可以有选择地破坏双链或单链DNA 运用生化实验方法，成功地在实验室用DNA分子 分子。正是基于这四种酶的协作实现了DNA计 解决了一个七个顶点的有向哈密尔顿路径问题，从 算。 此开创了DNA计算研究的新纪元。 1.3DNA计算的特点 1.1DNA计算的实质 DNA计算具有如下四个方面的显著特点: DNA计算是一种关于计算的新的思维方式，同 (1)DNA计算具有高度的并行性，运算速度 时也是关于化学和生物的一种新的思维方式。它是 快。在Adleman的实验中，通过适当估计，DNA串 基于大量DNA分子自然的并行操作及生化处理技 的并行操作数目可达100，而目前最快的巨型机每 术以产生组合结果，并对其进行提取和检测来完成 秒能执行102个操作。， 的。DNA计算机的实质就是DNA分子计算技术 (2)DNA作为信息的载体其储存的容量非常 的化学实现，以此完成运算，反应的产物及溶液给出 大，1立方米的DNA溶液可存储1万亿亿的二进制 了全部的解空间。 数据，远远超过目前所有电子计算机的总存储量。 1.2DNA计算的数学机理 (3)DNA分子生物计算所消耗的能量只有一 从原理和一些生物操作工具来看,DNA计算与 台电子计算机的十亿分之一。 数学操作这两个过程非常相似，可以利用生物过程 (4)资源丰富。提取DNA的成熟技术为DNA 来模拟数学过程。更确切地说是，DNA串可用于表 计算机的开发提供了丰富的核心资源。 示信息，酶可用于模拟简单的计算。这是因为:首 DNA计算的上述特性，是目前计算机和并行计 先，DNA是由称作核昔酸的一些单元组成，这些核 算机所无法比拟和替代的。 昔酸随着在其上的化学组或基的不同而不同。共有 2 DNA遗传算法的基本理论 四种基:腺嗓吟、鸟嚷吟、胞啥陡和胸腺啥吮，分别用