2010届毕业生史云.docVIP

跨膜蛋白TaALMT1的结构预测 目录 摘要……………………………………………………………………1 前言………………………………………………………………………2 第一章 跨膜蛋白的结构特点及其结构预测方法………………………3 1.1跨膜蛋白结构特点…………………………………………………3 1.2跨膜蛋白的结构预测方法…………………………………………3 第二章 TaALMT1蛋白结构模型的建立TaALMT1蛋白的序列分析、拓扑与二级结构预测TaALMT1蛋白完整三维结构的建立TaALMT1蛋白三维结构模型的优化跨膜蛋白TaALMT1的结构预测 0640321 史云 摘要：跨膜蛋白的二维拓扑结构预测方法已经比较准确，但由于严重缺乏已知结构的同源蛋白作为模板，大部分跨膜蛋白的三维结构预测还具有很高的难度。本课题以TaALMT1蛋白这一小麦根细胞中的跨膜蛋白作为对象，研究了在没有同源模板条件下，跨膜蛋白结构预测的方法。基于TaALMT1蛋白跨膜拓扑结构的实验数据、计算机方法对其跨膜拓扑结构和二级结构的预测，本课题使用I-TASSER服务器对其分段建模后再拼合，成功的构建了TaALMT1蛋白可能的三维结构模型，并通过优化提高了模型质量。 关键词：跨膜蛋白；结构预测；TaALMT1蛋白 Structure Prediction of TaALMT1, a Transmembrane Protein Abstract：While the 2D topology prediction of transmembrane protein is relatively accurate, the 3D structure prediction of most tranmembrane proteins is of high difficulty due to a severe deficiency in structurally-resolved homologous proteins as templates. This study investigated the structure prediction of TaALMT1, a transmembrane protein located in the root cells of wheat (Triticum aestivum), without homologous proteins as templates. A model of TaALMT1 was successfully constructed via splicing its segments modeled by I-TASSER, making use of existing experiment data of its topology as well as computational predictions of its topology and secondary structure. The quality of the model was then improved by optimization. Keywords：transmembrane protein; structure prediction; TaALMT1 前言 跨膜蛋白是膜蛋白的一种，穿过整个磷脂双分子层的生物膜。跨膜蛋白具有重要的生物学功能，包括作为受体介导细胞膜内外的信号传导或细胞之间的相互作用，作为载体协助各种分子离子的跨膜运输等，以及作为离子通道控制细胞膜两侧离子交换等。这些重要的生物学功能也使得跨膜蛋白成为了许多药物的作用靶点。目前有超过一半的药物的作用靶点为膜蛋白[1]，且其中大部分为跨膜蛋白。因此，理解跨膜蛋白的结构和功能对生物学和药学研究都具有重大意义。但由于膜蛋白的表达、纯化、结晶都具有一定的困难，目前高分辨率的膜蛋白结构还难以通过X射线衍射、核磁共振等实验方法得到。根据蛋白质结构数据库rotein Data Bank[2]中的信息，目前只有约150个非冗余的膜蛋白具有实验测得的高分辨率结构,仅占该数据库中所有蛋白质结构数量的1%。因此，使表达、纯化、结晶ALMT1（ 1）TaALMT1 (Triticum aestivum Aluminum-activated Malate Transporter 1)蛋白能够被细胞膜外的铝离子诱导，发挥分泌苹果酸的功能。而分泌到细胞外的苹果酸能够与铝离子螯合，形成配合物，阻止铝离子进入细胞，从而保护小麦，对抗高铝离子浓度的土壤环境[5]。在其他植物如拟南芥[6]、黑麦[7]中，也发现有类似功能的ALMT1基因和蛋白。这些蛋白的氨基酸序列具有一定程度同源性，并且该类蛋白能够在不同程度上