DNA甲基化生物信息学研究进展.pdfVIP

Reviews and Monograph s 综述与专论 生物化学与生物物理进展 Progress in Biochemistry and Biophysics 2009, 36(2): 143~150 DNA 甲基化的生物信息学研究进展 * 凡时财 1, 2) 张学工 1)** 1) ( 生物信息学教育部重点实验室，清华信息 国家实验室生物信息学研究部，清华大学 自动化系，北京 100084; 2) 电子科技大学 自动化工程学院，成都 610054) 摘要 作为重要的表观遗传学现象之一，DNA 甲基化对基因的表达发挥重要的调控功能．随着高通量检测技术 的不断发展， 对 DNA 甲基化的生物信息学研究也成为 DNA 甲基化研究中的一个非常活跃的热点．对生物信息学在 DNA 甲基化状态 的预 测、CpG 岛不易被 甲基化的机制研究、探索 DNA 甲基化同其他表观遗传学现象之间的关系 以及 DNA 异常 甲基化同癌症 的 发生和发展之间的关系等方面的研究进展进行综述 ． 关键词 DNA 甲基化，生物信息学研究， CpG 岛，预测，机制，表观遗传学 学科分类号 Q3，Q6，Q7 DOI: 10.3724/SP.J.1206.2008.00426 在多细胞生物的发育过程 中，细胞如何分化很 根据 Gardiner-Garden 等[10] 的定义，CpG 岛是一段 大程度上取决于其内部的基因表达模式，而基因的 长度不小于 200 bp、GC 含量不小于 50%、CpG 含 表达模式不仅仅依赖于细胞内转录因子的作用，还 量与期望含量之 比不小于 0.6 的区域．由于该定义 同表观遗传学因素密切相关．表观遗传学是指在不 将 一些重 复片段 也包含其 中，Takai 和 Jones [11]将 改变 DNA 序列 的条件下所发生的可遗传基因表达 CpG 岛重新定义为长度不小于 500 bp、GC 含量不 的变化[1] ．表观遗传学主要包括 DNA 甲基化、组 小于 55% 、CpG 含量与期望含量之 比不小于 0.65 蛋白修饰和染色质结构 ．脊椎动物 中，DNA 甲基 的区域 ．据统计 ，多于 50% 的基因的启动子 区含 化 表 现 为 在 DNA 甲 基 化 转 移 酶 (DNA 有 CpG 岛[12, 13] ．在早期 的认识 中，CpG 岛都是非 [4] methyltransferase ，DNMT) 作用下 ， 甲基基团合成 甲基化的 ，但是随着研究的不断深入 ，人们发现 到 5 -CpG-3 中胞 嘧啶 的第五位碳 原子上[2] ．DNA 在 印迹基因[3]、失活的 X 染色体[14]甚至是正常 的体 ′ ′ 甲基化参与了细胞的多种生理活动，比如基因的时 细胞 中都存在 甲基化的 CpG 岛[15] ．部分 CpG 岛的 空特异性表达、X 染色体失活、衰老 以及癌症 的发 异常 甲基化常常伴随着癌症等疾病 的发生[16] ． 生[3, 4] ．甲基化的 CpG 双核苷酸通过募集转录抑制 近年来 ，随着高通量 的 DNA 甲基化检测技术 因子[5]或者阻碍转录激活因子的结合抑制基因的表