表达谱芯片实验设计比较分析.pdfVIP

第 卷 第 期 东 北 农 业 大 学 学 报 38 1 38(1):50~53 2007年 月 2 JournalofNortheastAgriculturalUniversity February2007 文章编号 ( ) 1005-9369200701-0050-04 表达谱芯片实验设计的比较分析 * 王洪宝,李 辉,王启贵,王宇祥 (东北农业大学动物科学技术学院,黑龙江 哈尔滨 150030) 摘 要:通过两类表达谱芯片实验设计(包括直接杂交与间接杂交,正反标记试验),比较和分析了不同实验 设计对实验结果的影响。结果表明,间接杂交的 ( )值的变化幅度要比直接杂交的大,主要原因是因为其 LogRatio 实验系统误差要高于直接杂交;间接杂交的正反标记结果高度一致,说明间接杂交具有很高准确性,同时也表明 荧光染料对实验结果无明显影响。 关键词:表达谱芯片;直接杂交;间接杂交;正反标记 中图分类号: ; 文献标识码: S565.1 Q781 A 基因表达谱芯片是目前应用最多、最广的一 不会为零。 [1] 种芯片,发展速度很快。自 等 发表第一篇 理论上, 型实验的结果经过推断和转换, Schena Ⅱ 基因表达谱芯片的文章以来,在功能基因组研究 应得到与 型实验相一致的结果,然而由于 型 Ⅰ Ⅱ 方面,表达谱基因芯片正在发挥着越来越大的作 实验中选用了内对照,而且增加了芯片的数目, 用。但仍然存在着许多问题,例如技术成本昂贵、 这会对实验结果产生多大的影响,以及两种荧光 复杂、检测灵敏度较低,重复性差、分析泛围较 染料 和 是否存在标记差别,都是探讨的 Cy3 Cy5 [2] 狭窄等 。为了最大限度地增加差异显示的可靠性 关键问题。 和精确性,现在常用两种具有不同光谱的荧光染 1 材料与方法 料标记两种不同样本,然后混合这两种探针,并 同时与一张芯片杂交的方法来直接对比这两种样 1.1 实验分组 本,即双色杂交。许多倍受关注的生物学问题均 东北农业大学育种基地提供肉鸡的高、低脂系 可用双色杂交实验这种最简单的方法来研究,即 肝脏组织,通过两类实验进行研究。 两种样本直接在一张芯片上进行比较(被称为 型 直接杂交( 型试验)和间接杂交( 型试验) I 1.1.1 Ⅰ Ⅱ [3] 实验) 。然而,对于需要对比多个样本的复杂问 直接杂交:用 和 分别标记高、低脂 Cy3 Cy5