基于蛋白质互作网络的功能模块挖掘.pdfVIP

第28卷第8期 科技通报 V01．28No．8 2012年8月 BULLETIN0FSCIENCEANDTECHNOLOGY Aug．2012 基于蛋白质互作网络的功能模块挖掘 马晔，孙红梅 (哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院，哈尔滨150081) 摘要：有一些研究已经表明生物系统是由功能模块间的相互作用组成的。因此，鉴别这些功能模块对 于理锯生物系统的模块性和组织结构是十分必要的。本文提出了一个框架来鉴别功能模块通过整合蛋 白质互作网络和基因表达谱数据。应用算法于双重加权酵母蛋白质互作网络中，得到了120个功能模 块。这些模块显著的富集在蛋白质相关的GO的生物学过程上。因此，本文提出的算法可以很好的挖掘 蛋白质互作网络中功能模块。 关键词：蛋白质互作网络；基因表达；功能模块 中图分类号：R318．04 文献标识码：A of IdentificationFunctionalModulesfrom InteractionNetwork Protein—protein MA Ye，SUN Hongmei Science ofBioinformaticsand Medical 150081，China) Technology，Harbin (College University，Harbin studies that are of functional identifi- Abstract：Some biological modules．Thus，the suggest systemscomposedinteracting cationofthesefunctionalmodulesisessentialtounderstandthe and of this modularityorganizationbiologicalsystems．In a for functional utilize framework moduleswhich and paper，we identify propose protein-protein ofour to PPInetworkof the obtain120functionalmodules． geneexpression algorithm yeast，we profiles．Application Thesemodulesare enrichedin Gene we is terms．Thus，the significantly biologica