生物信息学作4业.docVIP

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2015-07-22 发布于安徽
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生物信息学作4业.doc

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《生物信息学》操作练习（一）数据库搜索与序列比对 2013/3/27布置，一周内完成，结果存为单个word文件，文件名统一为“学号-姓名-01.doc”，上传网络教学平台或邮箱“dongx61@126.com” 现有如下序列： MALAGAPAGGPCAPALEALLGAGALRLLDSSQIVIISAAQDASAPPAPTGPAAPAAGPCDPDLLLFATPQAPRPTPSAPRPALGRPPVKRRLDLETDHQYLAESSGPARGRGRHPGKGVKSPGEKSRYETSLNLTTKRFLELLSHSADGVVDLNWAAEVLKVQKRRIYDITNVLEGIQLIAKKSKNHIQWLGSHTTVGVGGRLEGLTQDLRQLQESEQQLDHLMNICTTQLRLLSEDTDSQRLAYVTCQDLRSIADPAEQMVMVIKAPPETQLQAVDSSENFQISLKSKQGPIDVFLCPEETVGGISPGKTPSQEVTSEEENRATDSATIVSPPPSSPPSSLTTDPSQSLLSLEQEPLLSRMGSLRAPVDEDRLSPLVAADSLLEHVREDFSGLLPEEFISLSPPHEALDYHFGLEEGEGIRDLFDCDFGDLTPLDF 要求：用NCBI BlastP比对(使用默认参数) 搜索，以确定该蛋白质的名称、序列号、物种来源等基本信息；通过BLAST寻找其在小鼠(Mus musculus)中相似度最高的同源蛋白，提供比对结果；通过比对Pfam数据库，推断该蛋白属于何种蛋白质家族，可能的功能是什么？多重比对练习：已知拟南芥(Arabidopsis thaliana) 转录因子E2F家族包含6个成员，分别为E2Fa (又名E2F3), E2Fb(又名E2F1), E2Fc, E2Fd, E2Fe, E2Ff，请通过Entrez查寻其蛋白质序列信息，并将结果保存为FASTA格式；建立上述蛋白的多重比对FASTA文件；用ClustalW或ClustaX进行多重比对，将结果保存下来以便进一步分析。 (二) 按要求对以下序列进行比对分析 (命名为 “query.fasta”). GCATGCTGGCTCCTTTGGGATCGATCCGTCCGGTTCTTCTCCGGCCGGCCACCTCTCGAAGGTGACGCTGTCGCCGACGAGCCACCGACATCCGACCGACAGCCCCCGACAGCGCTCCTACGCGGTGCCGACATGACACCGACACCGCAGGTCGGACGACGGGGGCTCAGGCGCGACGGGCGCGGATCACGACGGCCGTACCGCCGCGACGGCGAGCACCGCCGCGCCGCCGAGGAGTGGCCGAAGGAGTGAAGATCGGTTACGGACCGTAAAGGAGTACCTGGCGCACCGGCGCGTTGTCGCATCGTCGTCCCGGCCGGTGGCGGAGCATGCCACCCATGCTGTCCGGTCTTCTGGCCAGATTGGTCAAACTGCTGCTCGGGCGCCACGGCAGTGCGCTGCACTGGAGGGCCGCGGGTGCCGCGACGGTCCTCCTGGTGATCGTCCTCCTCGCGGGCTCGTACTTGGCCGTCCTGGCTGAGCGCGGCGCACCGGGCGCGCAGCTGATCACGTATCCGCGGGCGCTGTGGTGGTCCGTGGAGACCGCGACGACCGTCGGCTACGGCGACCTGTACCCCGTGACTCTGTGGGGCCGGCTCGTGGCCGTGGTGGTGATGGTCGCCGGGATCACCTCCTTCGGTCTGGTGACCGCCGCGCTGGCCACCTGGTTCGTCGGCCGGGAACAAGAGCGCCGGGGCCACTTCGTGCGCCACTCCGAGAAGGCCGCCGAGGAGGCGTACACGCGGACGACCCGGGCGCTGCACGAGCGTTTCGACCGTTTGGAGCGAATGCTCGACGACAACCGCCGGTGACTCCGCCGGTGACCGCCCGAGCGAGGCCGCACCGATGAGTCTGCGGCGGTTGTGCGGTCTACCCGTCGACGAAGGGAGCGCACCATGCGCAAGATCATCATTTGCACGTTCCTGACGCTGGACGGCGTCATGCAGGCGCCGGGCGGCCCGGACGAGGACGCCGAGAGCGGCTTCGAACACGGCGGCTGGCAGAAGCCGGTGGACGACGACGAGGTCGGCACGGCCATCGCCGGCTGGTACGAGGACTC