蛋白质组学与其研究进展.docVIP

蛋白质组学及其技术的发展 摘要：但白质组学是以生物体的全部或部分蛋白为研究对象，研究它们在生命活动过程中的作用、功能。蛋白质组学较之前的基因组学对于生命现象的解释更直接、更准确。本文主要介绍蛋白质组学的概念、背景、主要研究技术以及进展前沿。 关键词：蛋白质组学 双向电泳技术 生物质谱技术 生物信息学 随着基因测序技术的发展，人类以及各种生物的基因组测序的完成，了解这些基因的表达、功能和调控成为当前的要务。所以在这个生命科学研究以“组学”为基本研究单位的高通量研究时代，蛋白质组学的已是迫切必要的。而2001年的Science 杂志已把蛋白质组学列为六大研究热点之一，蛋白质组学研究已成为21世纪生命科学的重要战略前沿【1】1 蛋白质组学的概念及产生背景 众所周知,始于20世纪90年代初的庞大的人类基因组计划已取得了巨大的成就,几个物种(包括人类)的基因组序列已经完成.生命科学已实质性地跨入了后基因组时代,研究重心已开始从揭示生命的所有遗传信息转移到在分子整体水平对功能的研究上。这种转向的第一个标志是产生了功能基因组学(functional genomics)这一新学科,即从基因组整体水平上对基因的活动规律进行阐述.如在mRNA水平上通过DNA芯片技术检测大量基因的表达模式。而第二个标志则是蛋白质组学的兴起。 蛋白质组一词是澳大利亚Mac-quarie大学的Wilkins和Williams在1994年首次提出,最早见诸于文献是在1995年7月《Electrophoresis》杂志上【2】组学（Proteomics）一词，源于蛋白质（protein）与（genomics）两个词的组合，【3】【4】【5】 2 蛋白质组学技术 蛋白质组学的经典方法是双向电泳与生物质谱联用【6】。 2.1 蛋白质分离纯化技术（双向凝胶电泳） 双向电泳(2-DE)技术由OFarrel和Klose等人于1975年建立。第一向为等电聚焦(isoelectro focusing,IEF),是基于等电点不同将蛋白质分离,第二向为SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS),是基于子量不同而将蛋白质分离【7】:疏水性蛋白(如膜蛋白)难溶于样品缓冲液；高分子量蛋白、极酸和极碱性蛋白易在电泳中丢失;低拷贝(拷贝数小于1000)蛋白无法检测等。2-DE是蛋白质组学研究的关键技术,而2D-DIGE(two dimensional fluorescence difference gelelectrophoresis) 则在其基础上做了重大的改进。2D-DIGE在分离蛋白前,先用荧光素将蛋白样本作上标记,分离后再用质谱进行分析,这种方法可以对实验组和对照组的蛋白质的表达,进行精确且可重复的定量分析。2D-DIGE获得的数据可以用专门的系统管理。如:PARIS(proteomic analysis and resources index ation system)系统,它储存了电泳图像和信息,供研究者搜索应用【8】2D-DIGE可以真正作为定量蛋白质组学差异显示的首选工具。 2.2 蛋白质筛选（western印记） 对目的蛋白的筛选通常与双向电泳连用，主要用来分析凝胶中分离出的蛋白质样品，采用的主要技术手段通常是Western印迹和差异蛋白比较分析。Western印迹主要是将双向电泳后的凝胶不经过染色而直接转印到固相支持物（如NC膜、PVDF膜等）上，再在膜上进行免疫学反应，从而筛选出与免疫功能相关的蛋白；差异蛋白比较分析则是先对凝胶进行染色，然后应用软件（如Image Master、PDQuest 3次，然后先做组内比较，再做组间比较【1】(massspectrometry,MS)已经成为最有效的蛋白质鉴定工具。其基本原理是样品离子化后,根据不同离子间的负荷比(m/z)的差异来分离和确定蛋白质的分子量。根据离子化源的不同,主要可以分为电喷雾离子化(electrospray ionization,ESI)和基质辅助激光解吸离子化(matrixassisted laser desorption/ionization)质谱两大类。通常质谱仪由离子源,质量分析器,离子检测系统三部分组成。其中, 质量分析器是质谱技术的核心【6】,不仅可以快速、高效地对目的蛋白进行鉴定，且样品用量少（通常达到微克级）还能用于翻译后修饰的分析(糖基化、磷酰化),但目前只适用于20个氨酸以下的肽段。此外,还存在固有的局限性,比如Ile, Lys和Gln不能区分,有些肽的固有序列不能用质谱法测定。 2.4 蛋白质分析（生物信息学） 生物信息学是在生命科学的研究中，以计算机为工具对生物信息进行储存、检索和分析的科学。蛋白质组生物信息学的研究内容包括大规模蛋白质组学实验信息的产生,将实验信息处理成具有生物学意义的实验结