miRNA的功能分析策略.pdfVIP

miRNA 的功能分析策略 lin-4，第一个已知的miRNA，在1993 年被发现。自此，miRNA 的研究就一发不可收拾。线虫、 果蝇等模式生物的研究鉴定出miRNA 的许多重要功能，包括发育期间细胞增殖和死亡的协调，抗逆性， 脂肪代谢等等。相对于这些低等的模式生物，哺乳动物的miRNA 功能研究可就复杂得多。 在开始的几年，科学家们的首要目标是利用克 胞类型中表达，或以低水平表达的miRNA 来说， 隆、生物信息学和基因表达等方法编纂出完整的 鉴定起来还是有难度的。另外，介于物理性质或转 miRNA 目录和它的表达方式。随着这个目标日益 录后修饰，某些miRNA 可能难以克隆，这也是一 接近，研究重心又转移至miRNA 功能的阐释。针 个棘手的问题。 对这一目标，涌现出多种技术，有报告基因分析、 同时，科学家们也开发出多种算法，来预测 原位杂交、过表达和沉默、生物信息学预测算法等， miRNA。所有方法都利用了二级结构信息，因为发 它们都有助于miRNA 功能的推断。 夹结构的存在是miRNA 的主要特征。其中许多方 分析miRNA 的表达 法还依靠序列的保守性来区分miRNA 候选物和无 关的基因组发夹。另一些方法则评估发夹结构的热 在鉴定新的miRNA 时，通常采用三种方法： 力学稳定性，与已知miRNA 的序列和结构相似度。 正向遗传学、定向克隆和生物信息学分析。正向遗 另一种高效的方法是探索已知miRNA 周围的基因 传学主要运用于果蝇和线虫中，它通过一个突变表 组序列，因为许多miRNA 都是成簇排布。人和小 型来了解miRNA 的功能。第一个miRNA 基因lin-4 鼠的许多miRNA 就是通过这种方式鉴定出的。当 就是这么鉴定出的。然而，正向遗传学这么多年来 然，计算机预测出来的候选miRNA 还需要实验的 也就鉴定出寥寥几个miRNA。这是因为miRNA 很 验证。 小，只要突变不影响种子序列，它们就有潜力耐受， 因此很难击中。另外，由于冗余，表型筛选不能识 有时，我们并不需要全盘了解所有 miRNA， 别很多miRNA 突变体。因此正向遗传学不可能成 而只是想了解发育或分化的不同阶段、某种疾病状 为鉴定miRNA 的主力军。 态下特异表达的 miRNA。这时，芯片就成为一种 强大的工具，能监测组织特异的miRNA 表达，帮 之后，定向克隆技术的出现，让多种细胞系和 您挑出关键的miRNA。目前市场上多个miRNA 芯 组织中的miRNA 大规模鉴定得以实现，包括人、 片包括了最新的Sanger miRBase 数据库14.0 版 小鼠和斑马鱼等。miRNA 的克隆流程大致如下： 的内容，让您能紧跟形势。尽管最初miRNA 芯片 在变性的聚丙烯酰胺凝胶上分离RNA 样品，并回 的交叉杂交和特异性为人诟病，但经过改进，很多 收大小在18-2