基于质谱技术的计算蛋白质组学研究【荐】.pdfVIP

222 中国科学 E 辑 信息科学 2006, 36(2): 222~234 基于质谱技术的计算蛋白质组学研究* 孙瑞祥1** 付 岩1,2 李德泉1,2 张京芬1,2 王晓彪1,2 盛泉虎3 3 1 1 1,2 曾 嵘 陈益强 贺思敏 高 文 (1. 中国科学院计算技术研究所, 北京 100080; 2. 中国科学院研究生院, 北京 100039; 3.中国科学院上海生 命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所, 上海200031) 摘要 蛋白质组是继人类基因组计划完成之后又一新兴的生命科学研究对象, 蛋白质组学研究细胞或组织内所有表达的蛋白质. 生物质谱技术已为蛋白质组 学研究产生了大规模的质谱数据; 而如何从这些数据中提取和发现有关蛋白质 组的重要生物学知识为计算蛋白质组学的研究提出了重大需求, 如蛋白质鉴定 翻译后修饰 定量分析, 以及疾病模式的发现等. 本文研究了如何应用计算技术 来解决蛋白质组学研究中质谱信息处理的这几个关键问题. 关键词 计算蛋白质组学 质谱技术 蛋白质鉴定 算法 生物信息学 自20 世纪90 年代人类基因组计划(human genome project, HGP) 的正式实施 以来, 人们对基因组序列信息的计算分析方法研究成为生物信息学最集中的研 究内容之一; 而随着HGP 于2003 年被宣布完成之后, 对蛋白质组的全面研究将 逐渐成为21 世纪前期的另一项重要任务. 蛋白质组学(proteomics)是研究细胞或组织内所有表达的蛋白质的一门新兴 学科; 计算蛋白质组学(computational proteomics)则是研究如何应用计算技术来 解决蛋白质组学中关键的生物学问题, 如蛋白质鉴定 结构预测 功能分类 亚 细胞定位 翻译后修饰分析 相互作用网络 定量分析 疾病诊断与药物设计等, [1] 它已成为计算生物学, 或生物信息学的一个主要分支 . 特别是最近几年, 蛋白 质组学的逐渐兴起, 以及计算机硬件 信息处理技术 网络技术的快速发展为计 算蛋白质组学研究的广泛开展提供了成熟的条件, 计算蛋白质组学在当代生命 科学的研究中正发挥着越来越重要的作用. 计算蛋白质组学是采用计算的手段 收稿日期: 2005-09-28; 接受日期: 2005-11-17 * 国家“973”计划(2002CB713807)和国家科技攻关计划(2004BA711A21)资助项目 ** E-mail: rxsun@ SCIENCE IN CHINA Ser. E Information Sciences 万方数据 第2 期 孙瑞祥等: 基于质谱技术的计算蛋白质组学研究 223 来解决蛋白质组学中的生物学问题, 因而需要对要解决的生物学问题的背景和 相关的计算技术皆有充分深入的认识, 这体现了至少计算与生物两个发展最活 1) 跃学科的交叉与融合 . 本文的研究对象锁定在计算蛋白质组学中的质谱数据. 利用蛋白质的质谱数据可以实现蛋白质的身份鉴定 翻译后修饰分析 寻找 生物标记物与疾病的早期诊断等应用,