三种小型猪SLA-DQB基因外显子2序列群体变异分析.pdfVIP

2010广州一东莞前届国际小型猪学术论坛 三种小型猪SLA．DQB基因外显子2序列的群体变异分析 李华1’2～，邱祥聘3，张亚平1 (1．中国科学院昆明动物研究所细胞与分子进化重点实验室，昆明6502232．佛山科学技术学院动科系，广东南海 528231；3．四川农业大学动物科技学院，四川雅安625014) 【摘要】本文运用PCR．SSCP和克隆测序方法对中国3个不同地方类型的小型猪，即高原型的藏猪、华南型的 滇南小耳猪、香猪的SLA．DQB基冈外显子2(282bp)进行群体研究和序列多样性分析，共发现20个新等位基因， 由于序列富含GC，特别是第三密码子富含GC，影响了密码予使用的偏向性。密码予总体看来颠换大于转换(主要 集中在第二密码子，其次是第三密码子)，已经达到饱和效应。采用Tamura三参数研究结果表明：类群内华南型遗 传距离高于高原型，华南型与高原型遗传距离为0．0398。 【关键词】小型猪；SLA．DQB；序列多态 PCR-SSCPand exon2of was andthe [Abstract]Throughcloningsequencing，theSLA-II-DQBgene amplified Wasobtainedfrom3 breedsofthreeinChinese withthe inGenbank, fragmentof282bp pig groups pigs．Combinedsequences 20newalleleswere siteswa／e in3breedinthis nucleotidesitesof gained．46polymorphicget pigs paper．Thepolymorphic sheet weremorethanthatinahelix inthreemininaturevaluesofalleic Bpleatedregion region pigs．The diversity(H=0．784) and thenucleotide revealed orderof is diversity(Pi=0．035)wereveryhigh,the genediversity showasfollow：XDZ．Thevalueof abundantin thethird diversitysequentially G托is SLA-DQB(especially itaffectthethe ofcondonbias．Thetranversionis than focusonthe codon)，and usage largertransition(R=0．8)，majorly secondcondonandthethree it reachedthesaturationeffects．ThedistanceswithinHuanan condoll，and genetic group showedthanthatwithin distanceisO．0398betweenHuananand ÷ higher Gaoyuangroup．thegenetic groupGaoyuangroup． words]mininature [Key pigs；SLA-DQB；sequencediversity SLA．DQB位点的等位基凶具有高度多态性，多样性主要在外显子2(共94个氨基酸)，目前 对该基凶的研究国外多在于发现新等位基因和探讨进化机制【3圳】，国内目前仅见方美英等(2002)采 用限制性内切酶Rsa I对中国地方猪种小梅山、中梅山及国