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基于布尔网络的基因网络的研究进展 155 基于布尔网络的基因网络的研究进展 张国伟 邵世煌 齐金鹏 陈 亮 (东华大学信息学院，上海200051) 摘要： 生物体是十分复杂的系统。基因网络模型为深入理解生命本质提供了新的研究框 架和平台。布尔网络是研究基因网络的一个有力工具。本文阐述利用布尔网络对基因调 控网络建模的原理。本文还介绍了基于布尔网络的基因网络的研究现状和最新进展。最 后指出了该方法的局限和下一步的研究方向。 关键词：布尔网络；基因网络；概率布尔网络 1引言 生命是一个复杂的系统，有其自身的运行规律。“人类基因组计划”完成引发的后基因 时代的到来标志着生命科学开始进入系统生物学时代，人们开始在基因组结构和功能的层 次来研究生物系统的运行机理。 基因网络就是从系统层次上对生物系统进行研究的一个重要分枝。基因网络，又称基 因调控网络，是由细胞中参与基因调控作用的DNA、RNA、蛋白质以及代谢中间物所形成的 相互作用的网络。基因调控网络研究期望从系统的角度全面揭示基因组的功能和行为。它 有助于从基因组层次对生命过程进行详细的解释，并与分子层次的解释紧密联系，从而达到 系统的解释细胞活动、生命活动，解释疾病与治疗等目标。因此，基因调控网络在研究生物 体的生长、发育、衰老和患病等过程方面越来越受到重视。基因调控网络的研究成果有着重 要的理论意义和应用价值。 伴随着人类基因组计划的开始，基因调控网络的研究早在上世纪90年代就已经开始 了。基因芯片技术的发展，为基因网络研究提供了巨大的基因表达数据，极大地推动了基因 网络的研究。数学建模是基因网络的一个重要的研究内容。目前，对于基因网络的建模有 各种各样的方法，如布尔网络、贝叶斯网络、微分方程、分段线形微分方程、定性网络以及基 于生化过程随机性的主方程等多种建模方法。这些方法都从不同的角度对基因网络做了刻 画。布尔网络是最基本，但却能系统地刻画基因网络的一种重要方法。 2基于布尔网络的基因网络建模 and 根据AITIOII．eDavidson提出的生物系统调控观点，多重刺激和抑制因子通过与、或、 非等逻辑运算及其嵌套组合进行运算，产生对系统的调控作用[8J。在目前提出的许多模型 当中，布尔网络模型可以很好地描述生物系统这一复杂的调控特性。布尔网络是由Kauff— n3_an提出的一个基于理想化、自然机制的模型，可以抽象出复杂系统的基本原理和功能特 性。在任意给定的时刻，网络中的每个基因只能处于“0”或“1”状态，给定基因的表达水平通 156 第三篇计算机科学与技术 过布尔函数作用于多个与之相关的基因表达水平而得到【9J9。 布尔网络是比较简化的网络模型，但它是描述基因调控网络复杂结构的有力工具，同时 也可作为网络系统动力学分析的有效模型。它将系统的各种状态循环映射为不同的吸引子 区域，区域之外的状态树或子树都定义为暂态，并且所有基因的活动状态采用同步更新机 制。随着时间的变化，系统状态逐渐从暂态向吸引子区域以及不同的吸引子区域之间动态 跃迁。根据系统初始状态以及逻辑规则的不同，相同基因组构成的网络系统会呈现出不同 的状态跃迁过程，从而可以对基因调控网络系统复杂的动力学过程进行再现和深入分析。 图1中(a)为本文给出的一个简单的三个节点布尔网络配线图，该图表达了基因之间的 调控关系。三个基因节点的布尔网络系统有23=8个系统状态，在网络系统演化的动力学 过程中，系统状态的时间转换序列动态汇聚于状态空间的循环模式，该重复状态模式被称为 一个吸引子，所有导向吸引子的向心力轨迹形成了吸引子区域。如图1(b)是一个具有单状 态节点的吸引子，该吸引子周围覆盖了5个状态；图1(c)是一个具有两状态节点的吸引子循 环，其周围覆盖了3个状态。同一网络系统根据不同的初始状态以及逻辑调控规则会随着 时间的迁移产生不同的状态演化轨迹，并最终汇聚于可能不同的吸引子循环区域。 I．A激活B 2．B激活A和C