基因组选择在畜禽育种中的应用的研究进展.pdfVIP

基因组选择在畜禽育种中的应用研究进展 75 ●遗传育种 基因组选择在畜禽育种中的应用研究进展 王重龙1’2 丁向东2刘剑锋2殷宗俊3张 勤2+ 摘要：随着遗传学的发展，基因组选择作为动植物一种新型选择方法已成为研究人员的研究热点。本文简要阐述 了基因组选择的基本原理及实施步骤，以年遗传进展决定公式为出发点，对基因组选择在奶牛、肉牛、猪、家禽等育种 中的应用研究进行了探讨和综述。 关键词：基因组选择，畜禽，育种 trait loci， 1引言 响某个性状的所有数量性状基因座(quantitative 传统的动物育种是基于两类数据，即系谱数据和表型数 QTL)至少与一个标记处于连锁不平衡(1inkagedisequilibri． 据。据此，许多连续性状取得了显著的遗传进展，但有些性 am，LD)，所有遗传方差被标记捕获，从而准确预测个体育 状，如一些低遗传力性状、限性性状、表现晚的性状以及一些 种值。 难以测量的性状，取得的遗传进展非常有限或效率很低。20 基因组选择的实施需要覆盖全基因组的高密度标记及 世纪80年代以来，分子遗传学和分子生物技术的飞速发展， 其高通量的基因型判型方法，SNP标记及其芯片可满足此要 影响家畜生产性状的基因或标记被陆续发现，使得利用分子 求。至于需要多高密度的SNP标记，则取决于目标群体的连 标记进行辅助选择成为可能，也即利用第三类数据DNA标记 锁不平衡程度，如果连锁不平衡程度低，则需要更多的标记 assisted 数据。关于分子标记辅助选择(maikerselection，以保证至少有一个SNP标记与每一个QTL处于连锁不平 MAS)的理论研究和应用被大量开展。但由于传统的 et 之间的连锁不平衡程度。Calusa1．(2008)研究证明，当相 LE—MAS、LD—MAS或Gene—MAS(Dekkers，2004)可利用的标 记有限，被标记捕获的遗传方差占总遗传方差的比例有限， 邻标记间平均连锁不平衡的r2值大于0．2时，可获得准确的基 estimated values，GEBVs)。例 其实际应用未取得理想的效果(Misztal，2006；Boruszewska因组育种值(genomic breeding etal，2009)。 如，在荷斯坦奶牛中，当相邻标记间距大约100kb时，值可达 selection，GS)利用覆盖全基因组 基因组选择(genomic 的标记捕获某个性状的所有遗传方差，由Meuwisseneta1． and 群体的大小。r2值的期望等于1／(4Noc+I)，其中N。是有效群 (2001)提出，可克服传统MAS的上述缺点。随着最近测序技 术的发展，家畜和作物全基因组水平的多态性不断被大量阐 体大小，C是以摩尔根为单位的标记间距。Meuwissen 明。相应地，高通量的基因判型系统，如包含几万到几十万 (2009a)模拟研究表明，为获得很高准确性的GEBVs，需要 nucleotide ION。L个标记，其中L为以摩尔根为单位的基因组长度。荷 个单核苷酸多态标记(single polymorphism，SNP) 的高密度芯片，可在个体水平上对大量SNP进行高效、低成 斯坦奶牛的N。大约为10