- 1、本文档共6页,可阅读全部内容。
- 2、原创力文档(book118)网站文档一经付费(服务费),不意味着购买了该文档的版权,仅供个人/单位学习、研究之用,不得用于商业用途,未经授权,严禁复制、发行、汇编、翻译或者网络传播等,侵权必究。
- 3、本站所有内容均由合作方或网友上传,本站不对文档的完整性、权威性及其观点立场正确性做任何保证或承诺!文档内容仅供研究参考,付费前请自行鉴别。如您付费,意味着您自己接受本站规则且自行承担风险,本站不退款、不进行额外附加服务;查看《如何避免下载的几个坑》。如果您已付费下载过本站文档,您可以点击 这里二次下载。
- 4、如文档侵犯商业秘密、侵犯著作权、侵犯人身权等,请点击“版权申诉”(推荐),也可以打举报电话:400-050-0827(电话支持时间:9:00-18:30)。
- 5、该文档为VIP文档,如果想要下载,成为VIP会员后,下载免费。
- 6、成为VIP后,下载本文档将扣除1次下载权益。下载后,不支持退款、换文档。如有疑问请联系我们。
- 7、成为VIP后,您将拥有八大权益,权益包括:VIP文档下载权益、阅读免打扰、文档格式转换、高级专利检索、专属身份标志、高级客服、多端互通、版权登记。
- 8、VIP文档为合作方或网友上传,每下载1次, 网站将根据用户上传文档的质量评分、类型等,对文档贡献者给予高额补贴、流量扶持。如果你也想贡献VIP文档。上传文档
查看更多
系统发育树构建教程(PHYLIP).doc
系统发育树构建教程(PHYLIP)
PHYLIP网址: /phylip.html
(一)序列的前期准备
用ENTREZ或SRS搜索同源DNA/蛋白质序列 (same sequence in different organisms)
用CLUSTALX进行多条序列比对,在output format option选定PHY格式,构建进化树需要这个phy文件。
Figure 4.1 用clustalx进行多条序列比对
解压缩phylip-3.68.exe,得到三个文件夹,doc文件夹里是关于所有PHYLIP子程序的使用说明,exe文件夹里是直接可以使用的各个子程序,src文件夹里是所有程序的源文件。
打开exe文件夹,双击SEQBOOTt子程序(SEQBOOT是一个利用bootstrap方法产生伪样本的程序),输入刚刚生成的phy文件的路径,点击enter。
所有PHYLIP程序默认的输入文件名为infile, 输出文件名为outfile。如果在exe文件夹里找不到默认的输入文件,会提示can’t find input file “infile”。
Figure 4.2 seqboot程序起始界面
进入程序参数选择页面(Figure 4.3)。第一列中的D、J、%、B、R、W、C、S等代表可选的参数。想改变哪个参数,就键入此参数对应的字母,并点击回车键,对应参数将会发生改变。当我们设置好所有参数后,(这里我们可以不做任何修改),键入Y,按回车。此时程序询问“random numbe r seed? must be odd”,这是询问生成随机数的种子是多少,输入一个4N+1的数,点击回车程序开始运行,输出结果到文件outfile,保存在当前文件夹里。.
Figure 4.3 seqboot程序参数选择页面
主要参数解释:
D: 数据类型,有Molecular sequence、discrete morphology、restriction sites和gene frequencies4个选项。
J: 伪样本产生方法,有Bootstrap, Jackknife, Permute和rewrite4个选项。
B: 自举法窗口大小选择,可任意给定一个整数。
R: 产生伪样本的数目。
W:输入文件为字符还是权重。
S: 输出字符数据还是权重。
Figure 4.4 seqboot程序运行过程页面
程序默认产生100个伪样本,点击关闭seqboot程序后,将outfile更名为seqb, 用写字板打开seqb,可以看到里面是100多条序列比对结果。outfile和outtree,将outfile更名为mpfile,将outtree更名为mptree。用写字板打开mpfile(Figure 4.8),用TREEVIEW打开mptree(Figure 4.9)后,可以看到这两个文件都含有100个进化树。
Figure 4.7 dnapars程序参数选择页面
主要参数解释:
U:是否自动寻找自佳树,还是利用使用者所提供的树
S: 寻找最佳树的搜寻方式,more thorough或 less thorough
V: 保存多少个树 number of trees to save
J: 是否更改输入序列的次序,如果选是,会要求输入一个种子,4N+1的数,然后询问打乱次数,随意给一个数,不要太大,以免运行时间过长。
O:外群位置,默认不设外群,可以更改为任意一条序列。
N:转移和颠换是否全部计算在内。
W:位点之间是否权重不同
M:是否分析多个数据。由于我们第一步seqboot产生了100个伪样本,每一步都要更改这个选项。
Figure 4.8 outfile(更名为mpfile)用写字板打开
Figure 4.9 outtree(更名为mptree)用treeview打开
打开CONSENSE(将多个伪样本建成的不同树,根据majority原则,得出一致树)软件,将刚才生成的mptree文件输入。生成两个文件outfile和outtree。Outfile可用记事本打开,outtree可用TREEVIEW打开。将两个文件更名为cmpfile和cmptree,这就是我们采用MP方法,并使用bootstrap检验,最后得到的最优树。
(三)最大似然法建树(Maximum Likelihood )
打开DNAML(PROTML)软件。将刚才生成的seqb文件输入,更改M选项为分析多个数据,生成两个文件outfile和outtree。将outfile更名为mlfile,将outtree更名为mltree。用记事本和TREEVIEW分别打开,可以看到这两个文件都含有100个进化树。
打开CONSENSE软件,将刚才生成的mltree文件输入,生成两个文件outfile和
您可能关注的文档
最近下载
- 2023年11月四川省德昌生态环境监测站招考4名就业见习人员笔试历年高频考题(难、易错点荟萃)答案带详解附后.docx
- C103116【基础】2025年东北师范大学045101教育管理《841学校组织与管理之教育管理学》.pdf VIP
- ABB 传动变频器 ACS880-04(200-600 kW)传动模块硬件手册 安装及使用手册.pdf
- (入党积极分子)思想汇报.doc VIP
- 入党积极分子(发展对象)培训班学习心得体会.docx VIP
- 物业二次装修管理培训课件.pptx
- 祭母舅的祭文.docx
- 国家开放大学电大本科《社会保障学》2024期末试题及答案(试卷号:1283).doc VIP
- 公路工程标准施工招标文件 2018年版(完整版).doc
- 国家开放大学电大本科《社会学概论》期末试题及答案(试卷号:1282).doc
文档评论(0)