拉伸分子动力学模拟配体受体相互作用.pdfVIP

中国科学B辑化学2004，34(3)177～l87 拉伸分子动力学模拟配体．受体相互作用4 许叶春沈建华“ 罗小民沈旭 陈凯先 蒋华良” (中国科学院f．海生命科学研究院上海药物研究所新药研究国家重点实验审药物发现与设计叶一心．1．海201203) 摘要 配体和受体之间的相互作用研究有助于阐明配体的作用机理，为合理药物设计提供线 索新发展的拉伸分子动力学模拟使原来在微秒至秒时间范围内发生的生物化学过程可以在纳 秒尺度内进行模拟，从而动态再现目前实验所无法提供的配体与受体的结合或解离过程文中通 过详细介绍拉伸分子动力学方法对石杉碱甲与乙酰胆碱酯酶结合和解离过程以及HIV一1逆转录 酶和其非核苷酸类似物抑制剂Ⅸ一APA解离过程的成功模拟，综述拉伸分子动力学模拟在研究配 体和受体相互作用中的应用． 关键词 分子动力学 拉伸分子动力学配体和受体相互作用研究 分子识别和特定的配体一受体相互作用是许多生 nlolecular (steered 理过程的关键步骤，如酶的催化、细胞器组装、能量