大仓鼠SSR座位的筛选及黑线仓鼠MHC基因的克隆与序列分析.pdf

摘要 大仓鼠(Tscherskiatriton)和黑线仓鼠(Cricetulus 力极强，是危害农业、传播疾病的有害动物，因此本论文主要针对这两类害鼠展开分子生 物学方面的研究。 微卫星是一种较好的分子遗传标记，在种群进化研究、种群结构分析、遗传多样性等 研究中得到了广泛的应用。大仓鼠(Tscherskiatriton)是广泛分布于我国长江以北的重要害鼠 之一。过去关于大仓鼠微卫星座位的筛选、利用其进行遗传多样性研究的报道较少。研究 一使用经典的酚／氯仿抽提法从保存于．70℃的肝脏组织中提纯北京顺义、河北固安、饶 阳等地区大仓鼠的基因组DNA，并利用大仓鼠近缘种一原仓鼠(Cricetuscricetus)、金仓 鼠(Mesocricetus auratus)和黑线仓鼠(Cricetulus 至LOC．6；SSRl至ssrfl1)，通过PCR扩增筛选大仓鼠的微卫星座位，并对可能含有微 卫星的阳性克隆进行测序，最终得到33个微卫星序列。利用BLAST序列分析软件对 GenBank数据库进行检索，没有找到同源性一致的相应微卫星序列，表明33个大仓鼠微 次数在21次以上的占39．4％。大部分微卫星序列的二核苷酸重复次数均在12以上，可以 进行后续大仓鼠微卫星引物设计和相应的种群多态性分析。 主要组织相容性复合体(MHC)是由紧密连锁、高度多态的基因位点所组成的染色体上 的一个区域，MHC基因具有高度多态性，对于维持种属的生存与延续具有重要的生物学意 义。MHC的突出特性及其重要的功能使其在免疫遗传学、群体遗传学和抗病育种学等领域 具有独特的效力。 研究二应用MHCI类基因来探讨黑线仓鼠种群间的遗传结构，寻找分子遗传标记。根 据已报道的四个黑线仓鼠MHCI类基因序列以及入、大鼠和小鼠的相应序列，设计了一 对特异性引物(SSl)，从临沂沂南、潍坊临朐及曲阜吴村三个种群的黑线仓鼠基因组DNA 中扩增了编码MHC 录号为：FJ619112-FJ619183。结果表明：(1)黑线仓鼠MHCI类砣结构域的序列多 态性较为丰富，255 (2)群体 bp长度中有41个多态位点，多态位点百分率为16．08％； 性指数(Hd)都很高，说明编码MHCI类分子0L2结构域基因的核苷酸序列的变异较大； 沂南(0．03026)；(3)三个地理种群的氨基酸序列中均存在与抗原多肽结合的位点， 且极其保守，序列编码区的蛋白质预测图均包含Gt螺旋和13折叠，吴村种群a螺旋略 有差异； (4)种群间的遗传分化指数接近，单倍型出现交叉，说明三个种群间的遗传分 化不明显；(5)多态性丰富的编码MHCI类分子以结构域的基因序列，适宜作为黑线 仓鼠不同群体的分子遗传标记。 研究三对MHC II类DQA基因的外显子2进行克隆和序列分析。提取黑线仓鼠3 个群体(吴村、沂南和临朐)的基因组DNA构建基因池，利用PCR扩增得到249bp的目 并推导出氨基酸序列。结果表明：黑线仓鼠、人、大鼠、小鼠、猪、马、牛、兔之间D鲥 黑线仓鼠与大鼠、小鼠亲缘关系更近。测序得到的D剑基因外显子2序列具有丰富的种 间多态性，可以作为物种遗传分析的分子标记。 关键词： 大仓鼠； SSR座位；黑线仓鼠； MHCI类0【2结构域； MHC 遗传变异 II类；D幽基因； STRACT AB inChinaare extensive· andCricetulusbarabensis very Tscherskiatriton The of landscapes animals