适于玉米SSR核心引物的通用PCR扩增反应程序的建立.pdfVIP

维普资讯 玉 米 科 学 2008，16(3)：19～21，25 JournalofMaizeSciences 适于玉米 SSR核心引物的通用 PCR扩增 反应程序的建立 王凤格，易红梅，赵久然，王 璐，孙艳美 (北京市农林科学院玉米研究中心，北京 100097) 摘 要：通过研究退火温度与引物 TM值之间的关系，确定玉米核心引物设计时对 TM值的特殊要求，通过比 较3种PCR扩增程序，确定两步法扩增作为新设计引物的统一的PCR反应程序，为基于玉米 SSR核心引物构建多 重PCR组合反应进行高通量的基因分型奠定了基础。 关键词：玉米；SSR；PCR；核心引物 中图分类号：S513 文献标识码：A ConstructionofaCOmmOnPCRPrOaram forSSRCorePrimersinMaize WANGFeng-ge，YIHong-mei，ZHAOJiu-ran，WANGLu，SUNYan-mei M(aizeResearchCenter,BeijingAcademyofAgricuhuralandForestrySciences，Beijing100097，China) Abstract：ThespecialrequesttoTM valueformaizeSSRcoreprimerwasdeterminedaccordingtorelationship betweenannealingtemperaturena dprimer’STM value，na dtwo—stepPCR program wasdetemr inedasacommon program ofrnew—designed primers afterthree PCR programscompared，which help to multiplex PCR nad high-throughputgenotypingwithmaizeSSReo／eprimers． Keywords：Maize；SSR；PCR；Coreprimer PCR扩增反应程序包括变性、退火和延伸 3个 1．2 选用引物 基本步骤的循环，其中又以退火温度对反应的影响 利用 引物设计软件 oligo6．22在 bnlg439、 最大，而最适退火温度的选择与引物序列的TM值 bnlg125、phi072、umcl705、bnlgl61、phi065等 6个引 大小有直接关系。每个引物的最适退火温度不同， 物位点上专门设计了一套不同序列条件的引物累计 很难建立起通用的扩增程序，给构建多重PCR组合 46个，包括了以下3种情况：①位点相同，TM值不 及建立标准反应程序造成了困难。 同的引物，如bnlg439位点设计了6个引物，TM值 本研究是通过研究退火温度与引物TM值之间 从 69．9cI=到 79．2cI=；phi072位点设计 了9个引物， 的关系，提出新引物设计在 TM值上的特殊要求，并 TM值从 70．8℃到 79．2cI=；bnlgl61位点设计了9个 建立起适用于新引物的统一的PCR反应程序，简化 引物 70．2cI=到79．5cI=。②TM值相同，位点不同的引 试验过程。 物，在6个引物位点均设计了TM值在7lcI=、73cI=、 l 材料与方法 75cI=、77cI=的引物。③位点相同，TM值相同，扩增产