深度测序鉴定绵羊microRNA转录组张世芳.pdfVIP

2013 40 9 中国畜牧兽医 年第 卷第 期 生物技术 ·19 · 深度测序鉴定绵羊microRNA 转录组 ， ， ， ， ， ， ， ， ， ， 张世芳 魏彩虹 陆健 张小宁 周鑫磊 张淑珍 王光凯 曹家雪 赵福平 张莉 杜立新 ( ， ， 100193) 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 国家畜禽分子遗传育种中心 北京 : Texel 5 :70 、85 、100 、120 135 d 。 Solexa 摘要 本研究采集的 绵羊胎儿的背最长肌样品包括 个发育阶段 和 通过采用 测序技 microRNA (miRNA) ， 。 ACGT101-miR v4 ． 2 术对混池样品进行了 深度测序 获得了 条原始序列读数 使用 分析软件对 miRNA ; miRNA (miRNA :miRBase v17 ． 0 )、miRNA 测序数据进行了深度发掘 通过与最新的哺乳动物成熟 序列 数据库 前体序 、 ( ，2010 2 ) ， microRNA ，pre-miR- 列 绵羊基因组序列 绵羊基因组数据库 年 月 的比对分析 对绵羊 转录组数据库进行了大幅更新 NA (miRNA ) 1529 ， miRNA 1999 。 PCR 前体 序列增至 条 编码的 成熟体序列增至 条 通过实时荧光定量 技术对深度测序获得 5 miRNA 。 miRNA ， miRNA 的 个 在混池样品中进行了验证 绵羊 的研究起步较晚 而 的发现与鉴定将促进基因调控机制及 miRNA 功能的研究。 :Solexa ;Texel ; ;microRNA 关键词 测序 绵羊 背最长肌 转录组 中图分类号:Q78 文献标识码:A 文章编号:167 1-7236 (2013)09-0019-04 microRNA (miRNA) 70 nt ， miRNA 是一类由长约 的茎环 能也已经被证明 但作为非模式动物的畜禽 (pre-miRNA) 22 nt 、 (Glazov ，2008)， 结构前体 切割形成的约 非编码 的研究相对滞后 等 目前还处于对畜 的单链RNA 分子(Lee 等，1993 )，miRNA 前体广泛 miRNA ， miRNA 禽 基因进行发掘的阶段 而关于 在 X (Rein- 存在于哺乳动物的常染色体和 染色体上 畜禽中的研究鲜有报道。Sanger miRB